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Publication Information


Title
Japanese:複合体構造予測とフラグメントリンキングによるPROTAC設計手法の開発 
English: 
Author
Japanese: 石沢涼太, 大上雅史.  
English: Riyota Ishizawa, Masahito Ohue.  
Language Japanese 
Journal/Book name
Japanese:研究報告バイオ情報学（BIO） 
English: 
Volume, Number, Page 2024-BIO-77    32    1-8
Published date Feb. 29, 2024 
Publisher
Japanese:情報処理学会 
English: 
Conference name
Japanese: 
English: 
Conference site
Japanese: 
English: 
Official URL https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=232781&item_no=1&page_id=13&block_id=8
 
Abstract ユビキチン・プロテアソーム分解系を誘導して標的タンパク質を分解する PROTAC は，従来の分子標的薬では標的とできなかったタンパク質を狙える新しい創薬モダリティである．PROTAC はリンカーと呼ばれる部位の長さや組成によって物性や分解能，標的特異性に影響を与えることがわかっている．しかし，最適なリンカーを設計する指針や方法は確立されておらず，リンカー設計のための計算技術開発が期待されている．我々は以前にフラグメントリンキング法による PROTAC リンカーの設計手法を提案した．この手法は標的タンパク質と E3 リガーゼのドッキングポーズに依存するため，本研究では標的タンパク質と E3 リガーゼの，ドッキングによる予測構造を入力構造としてリンカーを設計し，評価を行った．また，標的タンパク質，E3 リガーゼ，PROTAC の複合体構造のモデリングを行い，リンカーの比較検討を行った．

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