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論文・著書情報


タイトル
和文:ドッキング計算に基づく網羅的タンパク質-RNA間相互作用予測 
英文:Docking-calculation-based All-to-all Protein-RNA Interaction Prediction 
著者
和文: 大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山 泰.  
英文: Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, 内古閑伸之, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama.  
言語 Japanese 
掲載誌/書名
和文:研究報告 バイオ情報学（BIO） 
英文: 
巻, 号, ページ vol. 2011-BIO-25    30    pp. 1-8
出版年月 2011年6月16日 
出版者
和文:情報処理学会 
英文: 
会議名称
和文:情報処理学会 第25回バイオ情報学研究会 
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開催地
和文:沖縄県 
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公式リンク https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=74593&item_no=1&page_id=13&block_id=8
 
アブストラクト タンパク質-RNA 間相互作用 （protein-RNA interaction, PRI） は，細胞システムの理解に重要であり，複数のタンパク質と RNA の相互作用関係を網羅的に予測する手法の確立が求められている．我々は立体構造情報を用いたタンパク質間相互作用予測システム MEGADOCK を開発してきたが，本研究では MEGADOCK に対して CHARMM27 核酸原子パラメータを導入することで，RNA 立体構造を扱えるように拡張した．Protein Data Bank より選出した 78 の RNA 結合タンパク質による 78×78 件の網羅的 PRI 予測を行い，元の構造に相当する 78 ペアを正例，その他の 6,006 ペアを負例として評価を行った結果，F 値 0.465 での予測に成功した．

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