配列相同性検索ツールGHOSTZ-GPUのMPI環境における高速化

後藤公太; 大上雅史; 石田貴士; 秋山泰

論文・著書情報

タイトル

和文:	配列相同性検索ツールGHOSTZ-GPUのMPI環境における高速化
英文:	Acceleration of Sequence Homology Search Tool GHOSTZ-GPU on MPI environment

著者

和文:	後藤公太, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰.
英文:	Kota Goto, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama.

言語

Japanese

掲載誌/書名

和文:	情報処理学会研究報告
英文:	IPSJ SIG Technical Report

巻, 号, ページ

2017-BIO-53 7 1-8

出版年月

2018年3月2日

出版者

和文:
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会議名称

和文:	情報処理学会第53回バイオ情報学研究会
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開催地

和文:
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アブストラクト

GHOSTZ-GPU はメタゲノム解析において，配列相同性検索を高速に行う事のできるソフトウェアである．しかし，シーケンサが DNA 配列を読み取る速度は配列相同性検索よりも高速であり，効率的な解析のためには大規模な計算環境が求められている．本研究では先行研究の GHOSTZ-MP で挙げられた問題点とユーザビリティを改善する提案と実装を行い，評価実験を行った．評価実験の結果，64 ノードの大規模並列環境においては提案手法は先行研究と比較して 1.27 倍の高速化率を達成した．

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