論文

• Xiaoran HU, Masayuki YAMAMURA. Hierarchical Fusion Network with Enhanced Knowledge and Contrastive Learning for Multimodal Aspect-Based Sentiment Analysis on Social Media, Sensors, MDPI, Volume 23, Issue 17, Aug. 2023.
• Xiaoran HU, Masayuki YAMAMURA. Global Local Fusion Neural Network for Multimodal Sentiment Analysis, Applied Sciences, MDPI, Volume 12, Issue 17, Aug. 2022.
• Jianqi Pan, Masayuki Yamamura, Atsushi Yoshikawa. PNCF: Neural collaborative filtering based on pre-trained embedding, International Conference on Neural Networks, Information, and Communication Engineering (NNICE 2022), PROCEEDINGS OF SPIE, Society of Photo-Optical Instrumentation Engineers, Volume 12258, July 2022.
• Jiateng Pan, Atsushi Yoshikawa, Masayuki Yamamura. A New Model for Bias-Generating Agent-Based Simulation and Its Application to Election Systems: Allowing Agents to Make Mistakes for a Reason, Mathematical Problems in Engineering, Hindawi, Volume 2022, Apr. 2022.
• Sumaira Erum Zaib, MASAYUKI YAMAMURA. Personalized Saliency Prediction Using Color Spaces, Multimedia Tools and Applications, Mar. 2022.  公式リンク  
  
• Akinobu Sakata, Takamasa Kikuchi, Ryuichi Okumura, Masaaki Kunigami, Atsushi Yoshikawa, Masayuki Yamamura, Takao Terano. Methodology for Extracting Knowledge from a Gaming Simulation Using Data Envelopment Analysis, International Journal on Advances in Software, IARIA, Vol. 14, No. 1&2, pp. 107-121, 2021.
• Kentaro Akiyama, Kazuki Fujisawa, Hiro Kondo, Yuya Netsu, KojiNishikawa, Yoshio Takata, Yuya Nakamura, Yuta Kino, Shotaro Ayukawa, Masayuki Yamamura, NobuhiroHayashi, Yoh-ichi Tagawa, Nobutaka Nakashima. MazF activation causes ACA sequence-independent and selective alterations in RNA levels in Escherichia coli, Springer Nature, Springer Nature, Sept. 2019.  公式リンク  
  
• Yasuda, S., Zhou, Y., Wang, Y., MASAYUKI YAMAMURA, Wang, J.-Y.. A model integrating tonic and antigen-triggered BCR signals to predict the survival of primary B cells, Scientific Reports, Vol. 7, No. 1, 2017.
• Ken KOMIYA, MASAYUKI YAMAMURA. Cascading DNA Generation Reaction for Controlling DNA Nanomachines at a Physiological Temperature, New Generation Computing, Vol. 33, No. 3, pp. 213–229, July 2015.
• Tada, S., Zang, Q., Wang, W., Kawamoto, M., Liu, M., Iwashita, M., Uzawa, T., Kiga, D., MASAYUKI YAMAMURA, Ito, Y.. In vitro selection of a photoresponsive peptide aptamer to glutathione-immobilized microbeads, Journal of Bioscience and Bioengineering, Vol. 119, No. 2, pp. 137-139, 2015.
• Zang, Q., Tada, S., Uzawa, T., Kiga, D., MASAYUKI YAMAMURA, Ito, Y.. Two site genetic incorporation of varying length polyethylene glycol into the backbone of one peptide, Chemical Communications, Vol. 51, No. 76, pp. 14385-14388, 2015.
• Ishimatsu, K., Hata, T., Mochizuki, A., Sekine, R., MASAYUKI YAMAMURA, Kiga, D.. General Applicability of Synthetic Gene-Overexpression for Cell-Type Ratio Control via Reprogramming, ACS Synthetic Biology, Vol. 3, No. 9, pp. 638-644, 2014.
• Moriya, T., MASAYUKI YAMAMURA, Kiga, D.. Effects of downstream genes on synthetic genetic circuits, BMC Systems Biology, Vol. 8, No. 4, 2014.
• Akama, S., MASAYUKI YAMAMURA, Kigawa, T.. A multiphysics model of in vitro transcription coupling enzymatic reaction and precipitation formation, Biophysical Journal, Vol. 102, No. 2, pp. 221-230, 2012.
• Sekine, R., MASAYUKI YAMAMURA, Hagiya, M., Kiga, D.. Tunability of the ratio of cell states after the synthetic diversification by the diversity generator, Communicative and Integrative Biology, Vol. 5, No. 4, pp. 393-394, 2012.
• 関根 亮二, 木賀 大介, MASAYUKI YAMAMURA. 細胞の初期状態に依存しない多様化を実現する人工遺伝子回路の設計戦略, Chem-Bio Informatics Journal, Chem-Bio Informatics Society, Vol. 12, pp. 39-49, 2012.
• Ryoji Sekine, Masayuki Yamamura, Shotaro Ayukawa, Kana Ishimatsu, Satoru Akama, Masahiro Takinoue, Masami Hagiya, Daisuke Kiga. Tunable synthetic phenotypic diversification on Waddington’s landscape through autonomous signaling, Proceedings of the National Academy of Sciences, Vol. 108, No. 44, pp. 17969-17973, 2011.
• 小宮健, ジョン A. ローズ, 山村雅幸. 自律DNA分子計算 ‐ in vitro インテリジェンスの構築, 計測自動制御学会論文集, Vol. 46, No. 11, pp. 700-705, Nov. 2010.
• Ken Komiya, Masayuki Yamamura, John A. Rose. Experimental Validation and Optimization of Signal Dependent Operation in Whiplash PCR, Natural Computing, Vol. 9, No. 1, pp. 207-218, June 2010.
• Ken KOMIYA, MASAYUKI YAMAMURA, John A. Rose. Quantitative design and experimental validation for a single-molecule DNA nanodevice transformable among three structural states, Nucleic Acids Research, Vol. 38, No. 13, pp. 4539-4546, Apr. 2010.
• Ayukawa, S., Kobayashi, A., Nakashima, Y., Takagi, H., Hamada, S., Uchiyama, M., Yugi, K., Murata, S., Sakakibara, Y., Hagiya, M., MASAYUKI YAMAMURA, Kiga, D.. Construction of a genetic AND gate under a new standard for assembly of genetic parts, BMC Genomics, Vol. 11, No. SUPPL. 4, 2010.
• Hiromi Arai, Satoru Watanabe, Takanori Kigawa, Masayuki Yamamura. A new modeling method in feature construction for the HSQC spectra screening problem, Bioinformatics, Vol. 25, No. 7, pp. 948-953, Apr. 2009.
• Ken Komiya, Masayuki Yamamura, John A. Rose. Experimental Validation of Signal Dependent Operation in Whiplash PCR, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 5347, pp. 1-10, Nov. 2008.
• Hiroyuki Sekiguchi, Daisuke Kiga, Ken Komiya, Masayuki Yamamura. A Design and Feasibility Study of Reactions Comprising DNA Molecular Machine that Walks Autonomously by using a Restriction Enzyme, Natural Computing, Vol. 7, No. 3, pp. 303-315, Mar. 2008.
• K. Komiya, N. Hirayama, M. Yamamura. An Interface for a Computing Model Using Methylation to Allow Precise Population Control by Quantitative Monitoring, Lecture Notes on Computer Science, Vol. 4848, pp. 191-200, Oct. 2007.
• Hiroyuki Sekiguchi, Ken Komiya, Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura. A realization of DNA molecular machine that walks autonomously by using a restriction enzyme, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 4848, pp. 54-65, Oct. 2007.
• 染谷博司, 山村雅幸, 坂本健作. 分子計算のための一点から開始される探索法, 人工知能学会論文誌, Vol. 22, No. 4, pp. 405-415, May 2007.
• 土居茂雄, 山村雅幸. 局所負荷に基づきエージェントのLoop-Free移動制約を適切に使い分けるAntNetの提案と評価, 電子情報通信学会論文誌和文A, Vol. J90-A, No. 5, pp. 450-490, May 2007.
• Shohei KAMEDA, Masayuki YAMAMURA. Spider Algorithm for Clustering Multivariate Time Series, WSEAS TRANSACTIONS on INFORMATION SCIENCE and APPLICATIONS, Vol. 3, No. 3, pp. 485-492, Mar. 2007.
• 吉良聡, 礒合敦, 山村雅幸. データマイニング技術を用いた組換えタンパク質の発現量解析, 人工知能学会誌, Vol. 21, No. 1, pp. 481-491, Jan. 2006.
• Kenichi Wakabayashi, Masayuki Yamamura. A Design for Cellular Evolutionary Computation by using Bacteria, Natural Computing, Vol. 4, pp. 275-292, 2005.
• 伊藤浩史, 山村雅幸. 位相差情報を用いた遺伝子ネットワークの推定, 計測自動制御学会 第31回知能システムシンポジウム 資料集, pp. 101-108, 2004.
• 土居茂雄, 山村雅幸. リンクの相対負荷とエージェントの移動制約を考慮したフェロモン揮発法の提案と評価, 電子情報通信学会 B, Vol. J87-B, No. 1, pp. 48-59, 2004.
• 松田大典, 山村雅幸. 代謝ネットワーク解析に基づく形成モデルの提案, 計測自動制御学会 第31回知能システムシンポジウム 資料集, pp. 95-100, 2004.
• 皆川恵一, 山村雅幸. 分子動力学法の力場パラメータに関する研究, 計測自動制御学会 第31回知能システムシンポジウム 資料集, pp. 115-120, 2004.
• 加藤圭志, 山村雅幸. P2P型ネットワーク上での多対多通信の最適化, 計測自動制御学会 第31回知能システムシンポジウム 資料集, pp. 173-178, 2004.
• 山村雅幸. ウエット進化計算, 別冊「数理科学」分子コンピューティング特集, pp. 24-30, 2004.
• Wakabayashi K., Yamamura M.. A design for cellular evolutionary computation by using bacteria, Preliminary Proceedings of 10th International meeting on DNA based computers (DNA10), pp. 304-313, 2004.
• Sakamoto K., Yamamura M., Someya H.. Toward “Wet” Implementation of Genetic Algorithm for Protein Engineering, Preliminary Proceedings of 10th International meeting on DNA based computers (DNA10), pp. 416-425, 2004.
• Shinno K., Yamamura M.. An implementation of Molecule Reinforcement Learning, Preliminary Proceedings of 10th International meeting on DNA based computers (DNA10), pp. 432-432, 2004.
• Shigeo DOI, Masayuki YAMAMURA. An Experimental Analysis of Loop-Free Algorithms for Scale-free Networks, Proc. 4th International Workshop on Ant Colony Optimization and Swarm Intelligence (ANTS2004), Lecture Notes in Computer Science 3172, pp. 278-285, 2004.
• Shigeo DOI, Masayuki YAMAMURA. AntNet and Relative Pheromone Evaporation, Proc. IEEE 4th International Conference on Intelligent Systems Design and Applications (ISDA2004), pp. 473-478, 2004.
• 田中文英, 山村雅幸. MDP集団の上におけるマルチタスク強化学習, 電気学会論文誌C, Vol. 123, No. 5, pp. 1004-1011, 2003.
• Daisuke Matsuda, Masayuki Yamamura. Cascading Whiplash PCR with a Nicking Enzyme, 8th International Meeting on DNA Based Computers (DNA8), Lecture Notes on Computer Science, Springer-Verlag, Vol. 2568, pp. 38-46, 2003.
• Atsushi Kajita, Masayuki Yamamura, Yuji Kohara. Computer Simulation of the Cellular Arrangement in Early Cleavage of the Nematode C. elegans, Bioinformatics, Vol. 19, No. 6, pp. 704-716, 2003.
• 染谷博司, 山村雅幸. 探索オペレータの機能分担を考慮した進化型計算による関数最適化, 長崎大学地域共同研究センター 長崎大学からの情報発信'01, Vol. 7, pp. 2-2, 2002.
• 染谷博司, 山村雅幸. 最適解の位置にロバストな実数値GAを実現する Toroidal Search Space Conversion の提案, 長崎大学地域共同研究センター 長崎大学からの情報発信'01, Vol. 7, pp. 1-1, 2002.
• Atsushi Kajita, Masayuki Yamamura, Yuji Kohara. Physical Modeling of the Cellular Arrangement in C. elegans Early Embryo: Effect of Rounding and Stiffening of the Cells, Genome Informatics, Vol. 13, pp. 224-232, 2002.
• Sung-Joon Park, Masayuki Yamamura. FROG (Fitted Rotation and Orientation of protein structure by means of real-coded Genetic algorithm) : asynchronous parallelizing for protein structure-based comparison on the basis of geometrical similarity, Genome Informatics, Vol. 13, pp. 344-345, 2002.
• Masayuki Yamamura, Tom Head, Masami Hagiya. Biomolecular Computing - Preface, New Generation Computing, Vol. 20, No. 2, pp. 215-216, 2002.
• Atsushi Kajita, Masayuki Yamamura, Yuji Kohara. Physical Modeling of the Cellular Arrangement in C. elegans Early Embryo: Effect of Rounding and Stiffening of the Cells, Genome Informatics, Vol. 13, pp. 224-232, 2002.
• 山村 雅幸, 小野 功. インターネット版バーチャル大腸菌iVEST の開発, ソフトウェアバイオロジー, Vol. 1, pp. 25-30, 2002.
• 山村雅幸. アクエアスコンピューティング－生体分子による並列メモリの実現－, 電気学会誌, Vol. 122, No. 3, pp. 156-159, 2002.
• Hiroshi Someya, Masayuki Yamamura. Robust Evolutionary Algorithms with Toroidal Search Space Conversion for Function Optimization, Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference 2002 (GECCO-2002), pp. 553-560, 2002.
• 染谷博司, 山村雅幸. 探索オペレータの機能分担を考慮した進化型計算による関数最適化, 電気学会論文誌C, Vol. 122-C, No. 3, pp. 363-373, 2002.
• Shigeo Doi, Masayuki Yamamura. BntNetL and Its Evaluation on a Situation of Congestion, Electronics and Communications in Japan, Part 1, Vol. 85, No. 9, pp. 31-39, 2002.
• Tom Head, Xia Chen, Masayuki Yamamura, Susannah Gal. Aqueous Computing : A Survey with an Invitation to Participate, Journal of Computer Science and Technology, Vol. 17, No. 6, pp. 672-781, 2002.
• 梶田 睦, 小原 雄治, 山村 雅幸. 線虫の初期胚発生過程における細胞配置シミュレーション, 計測自動制御学会第28回知能システムシンポジウム資料, pp. 75-80, 2001.
• Atsushi Kajita, Masayuki Yamamura, Yuji Kohara. Computer Simulation of Early Cleavage of C. elegans Embryo, 13th International C. elegans Meeting, pp. 735-735, 2001.
• Hiroshi Someya, Masayuki Yamamura . Genetic Algorithm with Search Area Adaptation for the Function Optimization and its Experimental Analysis, Proceedings of Congress on Evolutionary Computation (CEC2001), pp. 933-940, 2001.
• MASAYUKI YAMAMURA. Another Realization of Aqueous Computing with Peptide Nucleic Acid, Proceedings of the 7th International Meeting on DNA Based Computers (DNA7), pp. 219-23, 2001.
• Tom Head, Xia Chen, Mathew J. Nichols, Masayuki Yamamura, Susannah Gal. Aqueous Solutions of Algorithmic Problems: emphasizing knights on a 3X3, Proceedings of the 7th International Meeting on DNA Based Computers (DNA7), pp. 219-230, 2001.
• Kenichi Wakabayashi, Masayuki Yamamura. A Realization of Information Gate by Using Enterococcus facealis Pheromone System, Proceedings of the 7th International Meeting on DNA Based Computers (DNA7), pp. 199-208, 2001.
• 染谷博司, 山村雅幸 . 最適解の位置にロバストな実数値GAを実現する Toroidal Search Space Conversion の提案, 人工知能学会誌, Vol. 16, No. 3, pp. 333-343, 2001.
• 山村雅幸. 分子コンピューティング, 電子銃砲通信学会第14回回路とシステム（軽井沢）ワークショップ論文集, pp. 273-278, 2001.
• 染谷 博司, 山村 雅幸. 探索領域を適応的に調整するGAによる関数最適化, 計測自動制御学会第28回知能システムシンポジウム資料, pp. 165-170, 2001.
• 山田 陸裕, 山村 雅幸, 大竹 久夫, 滝口 昇, 小野 功. バーチャル大腸菌VESTに基づくマルチプラットホームシミュレーションベンチの開発, 計測自動制御学会第28回知能システムシンポジウム資料, pp. 81-86, 2001.
• 樋口 隆英, 山村 雅幸, 筒井 茂義. 実数値GAにおけるシンプレクス交叉の提案と解析, 人工知能学会誌, Vol. 16, No. 1, pp. 147-155, 2001.
• Hiroshi Someya, Masayuki Yamamura. Where should Children be Generated by Crossover Operator on Function Optimization?, Proceedings of Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO-2000), pp. 382-382, 2000.
• 山村雅幸. DNA-PNAハイブリッドによるアクエアス・コンピューティングの実現, 情報処理学会 新しい計算パラダイムシンポジウム2000論文集(第7回MPSシンポジウム), pp. 59-66, 2000.
• 山村雅幸. 分子メモリの原理とその分子生物学的実現, 第11回東工大脳研究シンポジウム講演予稿集, pp. 6-11, 2000.
• Takahide Higuchi, Shigeyoshi Tsutsui, Masayuki Yamamura. Theoretical Analysis of Simplex Crossover for Real-Coded Genetic Algorithms, Proceedings of the 6th International Conerence on Parallel Problem Solving from Nature (PPSN VI),, pp. 365-374, 2000.
• Sung-Joon Park, Masayuki Yamamura. Using Genetic Algorithm to Detect Structural Similarities in Proteins, Proceedings of the 2nd International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BRGS2000), Vol. 2, pp. 201-203, 2000.
• 染谷 博司, 山村 雅幸. GAにおける子個体生成確率の世代間での重ね合わせに着目したTMXの提案, 電気学会 電子・情報・システム部門大会2000講演論文集, pp. 629-632, 2000.
• 山村雅幸. 分子メモリー－アクエアスコンピュータの分子生物学的実現, 数理科学, No. 445, pp. 39-45, 2000.
• Masayuki Yamamura, Yoshiyuki Ito. A Case Study of Indirect Control on Large Scale Evolutionary Multi-agent Systems in Dynamic Environment, Proceedings of the 6th International Conference on Intelligent Autonomous Systems (IAS-6), pp. 219-224, 2000.
• 山村雅幸. DNAコンピューティング, 計測と制御, Vol. 39, No. 6, pp. 427-427, 2000.
• 小野 功, 山村 雅幸, 喜多 一. 実数値GAとその応用, 人工知能学会誌, Vol. 15, No. 2, pp. 259-266, 2000.
• 山田 英之, 山村 雅幸. 時間割問題の進化的解法, 計測自動制御学会 第27回知能システムシンポジウム資料集, pp. 61-66, 2000.
• 朴 聖俊, 山村 雅幸. 遺伝的立体構造アラインメント：マルチプル立体構造アラインメントへ向けて, 計測自動制御学会 第27回知能システムシンポジウム資料集, pp. 123-126, 2000.
• 土居 茂雄, 山村 雅幸. 双方向AntNetによる適応型ネットワーク経路制御の提案, 計測自動制御学会 第27回知能システムシンポジウム資料集, pp. 77-82, 2000.
• 田中 文英, 山村 雅幸. ヒット曲予測に用いる進化型モデルの構築に向けたデータ考察, 計測自動制御学会 第12回自律分散システムシンポジウム予稿集, pp. 423-426, 2000.
• 山村雅幸. 分子メモリの原理と大容量化の試み, 計測自動制御学会 第12回自律分散システムシンポジウム予稿集, pp. 329-334, 2000.
• 朴 聖俊, 山村 雅幸. GAによる立体構造アラインメント, 計測自動制御学会 第12回自律分散システムシンポジウム資料集, pp. 323-328, 2000.
• 小野塚卓, 山村雅幸. ベイジアンネットワーク上の強化学習のケペラロボットシミュレータへの応用, 計測自動制御学会 第26回知能システムシンポジウム資料集, pp. 127－132, 1999.
• 朴聖俊, 山村雅幸. タンパク質立体構造比較への進化計算論的アプローチ, 計測自動制御学会 システム情報部門シンポジウム1999講演論文集, pp. 163－168, 1999.
• 土居茂雄, 山村雅幸. BntNetによるネットワークの経路制御の提案, 計測自動制御学会 システム情報部門シンポジウム1999講演論文集, pp. 215－220, 1999.
• MASAYUKI YAMAMURA. A Functional Specialization Hypothesis for Designing Genetic Algorithms, Proceedings of 1999 IEEE International Conference on Systems, Man and Cybernetics, 1999.
• 山村雅幸. 機能分担仮説に基づくGAの設計指針, 計測と制御, Vol. 38, No. 10, pp. 612-617, 1999.
• 染谷博司, 山村雅幸. 解空間構造に適応した探索を行うGAの適応度非依存淘汰に関する考察, 電気学会 電子・情報・システム部門大会'99 講演論文集, pp. 399－402, 1999.
• Akio Nishikawa, Masami Hagiya, Masayuki Yamamura. Virtual DNA Simulator and Protocol Design by GA, Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO-99), pp. 1810-1816, 1999.
• Shigeyoshi Tsutsui, Masayuki Yamamura, Takahide Higuchi. Multi-parent Recombination with Simplex Crossover in Real Coded Genetic Algorithms, Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO-99), pp. 657-664, 1999.
• Hiroshi Someya, Masayuki Yamamura. A Genetic Algorithm without Parameters Tuning and its Application on the Floorplan Design Problem, Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO-99), pp. 620-627, 1999.
• Tom Head, Masayuki Yamamura, Susannah Gal. Aqueous Computing: Writing on Molecules, Proceedings of 1999 Congress on Evolutionary Computation (CEC99), pp. 1006-1010, 1999.
• 宮下洋, 山村雅幸. 強化学習における習得済み政策の連結手法, 計測自動制御学会 第26回知能システムシンポジウム資料集, pp. 121-126, 1999.
• 染谷博司, 山村雅幸. 探索領域を適応的に調整する遺伝的アルゴリズムによるフロアプラン設計問題の一解法, 電気学会論文誌C, Vol. 119-C, No. 3, pp. 393-403, 1999.
• 山村雅幸. プログラムの学習, 進化経済論集 第3集 別冊, 1999.
• 樋口隆英, 山村雅幸. 実数値GAにおけるシンプレクス交叉の提案と解析, 計測自動制御学会 第26回知能システムシンポジウム資料集, pp. 267－272, 1999.
• 的場琢, 山村雅幸. DNA computingにおける望ましいDNA配列の設計, 計測自動制御学会 第26回知能システムシンポジウム資料, pp. 255－260, 1999.
• 吉田功, 山村雅幸. 交通システムにおける適応的信号制御, 計測自動制御学会 第26回知能システムシンポジウム資料, pp. 157-162, 1999.
• 田中文英, 山村雅幸. 進化型モデルによるヒット曲予測～予測に向けた分析～, 第13回人工知能学会全国大会講演論文集, 1999.
• 山村雅幸, 小林重信, 小野功. 進化型計算の工学応用, 第37回計測自動制御学会学術講演会(SICE98)講演論文集, 1998.
• 田中文英, 山村雅幸. Lifelong agentの強化学習, ロボティクス・メカトロニクス講演会'98 講演論文集, 1998.
• MASAYUKI YAMAMURA. Reinforcement Learning on Bayesian Networks, Proc. of 24┣D1th┫D1 Intelligent Systems' Symposium SICE., 1997.
• 山村雅幸. 進化的探索の理論と実際, 創発システム公開シンポジウム資料, pp. 10-15, 1997.
• 山村雅幸. Bayesian Network上の強化学習, 第8回東京工業大学脳研究シンポジウム講演抄録集, pp. 26-33, 1997.
• 山村雅幸. Floorplan Design Problemの確率的探索手法, 計測自動制御学会システム/情報合同シンポジウム'97講演論文集, pp. 215-220, 1997.
• 山村雅幸. 大規模マルチエージェント系における環境変化に対する即応性の研究, 計測自動制御学会システム/情報合同シンポジウム'97講演論文集, pp. 1-6, 1997.
• MASAYUKI YAMAMURA. An Approach to Lifelong Reinforcement Learning through Multiple Environments, Proceedings of the 6th European Workshop of Learning Robotics, pp. 93-99, 1997.
• MASAYUKI YAMAMURA. Designing Function Emergence by Learning, Proceedings of the 36th SICE Annual Conference, International Session Papers, pp. 101-102, 1997.
• 山村雅幸. 「Lifelong Reinforcement Learning」の確立を目指して, 1997年度人工知能学会全国大会(第11回)論文集, pp. 417-420, 1997.
• 山村雅幸. ベイジアンネットワーク上の強化学習のロボットナビゲーションへの応用, 1997年度人工知能学会全国大会(第11回)論文集, pp. 421-424, 1997.
• Masayuki Yamamura, Shigenobu Kobayashi. A Markov Analysis of Generation Alternation Models on Minimal Deceptive Problems, Proc. of FEA 97, 1997.
• MASAYUKI YAMAMURA. An Analysis of Crossover's Effect in Genetic Algorithms, Proc. of Joint Conference 96 SICE, 1996.
• MASAYUKI YAMAMURA. Emergent Search on Double Circle TSPs using Subtour Exchange Crossover, Proc. of ICEC 96, pp. 535, 1996.
• MASAYUKI YAMAMURA. A Survey on Reinforcement Learning-Toward non-Markovian Environments-, Proc. of Joint Conference 96 SICE, 1996.
• MASAYUKI YAMAMURA. An Analysis of Crossorer's Effect in Genetic Algorithms, Proc. of 1┣D1st┫D1 ICEC, 1994.
• MASAYUKI YAMAMURA. Solving TSPs by Genetic Algorithms considering character preservingness, Journal of JSAI, Vol. 7, No. 6, pp. 1049, 1992.
• MASAYUKI YAMAMURA. Learning Problem Solving Macrotalbes based on an Augmented EBL, Journal of JSAI., Vol. 6, No. 1, pp. 72, 1991.
• MASAYUKI YAMAMURA. An Augmented EBL and its Application to the Utility Problem, Proc. 12┣D1th┫D1 IJCAI, 1991.
• MASAYUKI YAMAMURA. An Angmented EBL considering Plural Exanples, Journal of JSAI, Vol. 4, No. 4, pp. 389, 1989.

著書

• Fumihide Tanaka, Masayuki Yamamura. Multitask Reinforcement Learning on the Distribution of MDPs, Proc. IEEE International Conference in Robotics and Automation (CIRA2003), Proc. IEEE International Conference in Robotics and Automation (CIRA2003), 2003.
• Sung-Joon Park, Masayuki Yamamura. Real-Coded Genetic Algorithm to Reveal Biological Significant Sites of Remotely Homologous Proteins, Proc. GECCO2003, Proc. GECCO2003, pp. 1602-1603, 2003.
• Sung-Joon Park, Masayuki Yamamura. Asynchronous Real-coded Genetic Algorithms for Simultaneous Protein Structure-based Alignment, Proc. GECCO2003: Proceedings of the Bird of a Feather Workshops, Proc. GECCO2003: Proceedings of the Bird of a Feather Workshops, pp. 276-279, 2003.
• Sung-Joon Park, Masayuki Yamamura. Two-layer Protein Structure Comparison, 15th IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI 2003), 15th IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI 2003), pp. 435-440, 2003.
• Fumihide Tanaka, Masayuki Yamamura. Exploiting Value Statistics for Similar Continuing Tasks, 12th IEEE Workshop Robot and Human Interactive Communication (RO-MAN 2003), 12th IEEE Workshop Robot and Human Interactive Communication (RO-MAN 2003), 2003.
• Sung-Joon Park, Masayuki Yamamura. GA-based Generic Method for Protein Structure Comparison, 2003 Congress on Evolutionary Computation (CEC 2003), 2003 Congress on Evolutionary Computation (CEC 2003), pp. 1528-1535, 2003.
• 梶田睦, 山村雅幸, 小原雄治. 力学モデルを用いた線虫C. elegansの初期胚における細胞配置シミュレーション, 計測自動制御学会 第30回知能システムシンポジウム資料, 計測自動制御学会 第30回知能システムシンポジウム資料, pp. 127-132, 2003.
• 田中文英, 山村雅幸. Multitask Reinforcement Learning with Value Statistics, 計測自動制御学会 システム・情報部門学術講演会2003(SSI2003)講演論文集, 計測自動制御学会 システム・情報部門学術講演会2003(SSI2003)講演論文集, pp. 285-290, 2003.
• 土居茂雄, 山村雅幸. リンクの相対負荷とノードの結合度を考慮したフェロモン揮発法の提案, 計測自動制御学会 システム・情報部門学術講演会2003(SSI2003)講演論文集, 計測自動制御学会 システム・情報部門学術講演会2003(SSI2003)講演論文集, pp. 395-399, 2003.
• 広戸裕介, 山村雅幸. PAGEを利用したDNA分子メモリの実装, 計測自動制御学会 第30回知能システムシンポジウム資料, 計測自動制御学会 第30回知能システムシンポジウム資料, pp. 109-114, 2003.
• 栃村剛史, 山村雅幸. 代謝経路に着目したタンパク群の進化系統解析, 計測自動制御学会 第30回知能システムシンポジウム資料, 計測自動制御学会 第30回知能システムシンポジウム資料, pp. 103-108, 2003.
• 山村雅幸. 人工生命, 北川高嗣他編, 情報学事典, 弘文堂, 北川高嗣他編, 情報学事典, 弘文堂, pp. 486-487, 2002.
• 山村 雅幸, トム・ヘッド, スザンナ・ガル. アクエアス・コンピューティング－分子メモリの計算原理と分子生物学的実現－, 北野 宏明編著, 遺伝的アルゴリズム４, 産業図書, 北野 宏明編著, 遺伝的アルゴリズム４, 産業図書, pp. 49-73, 2000.

国際会議発表 (査読有り)

• Jiateng Pan, Atsushi Yoshikawa, Masayuki Yamamura. Cooperation: A Systematic Review of how to Enable Agent to Circumvent the Prisoner’s Dilemma, 3rd International Conference on Public Relations and Social Sciences (ICPRSS 2023), SHS Web of Conferences, EDP Sciences, Volume 178, Oct. 2023.  公式リンク  
  
• Sumaira Erum Zaib, Masayuki Yamamura. Using Heart Rate and Machine Learning for VR Horror Game Personalization, IEEE Conference on Games, Sept. 2022.  公式リンク  
  
• Qiuhan Han, Atsushi Yoshikawa, Masayuki Yamamura. Mining User Similarity from GPS Trajectory Based on Spatial-temporal and Semantic Information, 3rd International conference on Information Science, Parallel and Distributed Syatems, 2022 3rd International Conference on Information Science, Parallel and Distributed Systems (ISPDS), IEEE, pp. 174-180, July 2022.
• Xiaoran HU, Masayuki YAMAMURA. Two-stage Attention-based Fusion Neural Network for Image-Text Sentiment Classification, IVSP '22: 2022 4th International Conference on Image, Video and Signal Processing, IVSP '22: Proceedings of the 2022 4th International Conference on Image, Video and Signal Processing, Association for Computing Machinery, June 2022.
• Jiateng Pan, atsushi yoshikawa, MASAYUKI YAMAMURA. Genetic Algorithm-based Reproduction of Certainty Effect: From the perspective of survival environments, 2022 4th International Conference on Communications, Information System and Computer Engineering (CISCE), https://doi.org/10.1109/CISCE55963.2022.9851170, May 2022.
• Jiateng Pan, Atsushi Yoshikawa, Masayuki Yamamura. Overfitting-based Bias-generating Neural-network : Simulation of Pavlov’s Dog, 2021 International Symposium on Artificial Intelligence and its Application on Media (ISAIAM), 2021 International Symposium on Artificial Intelligence and its Application on Media (ISAIAM), Mar. 2021.
• Jiateng Pan, Atsushi Yoshikawa, Masayuki Yamamura. Analysis of the Causes and Solutions of Apartheid Based on Schelling Model with Welfare Policy, 2020 International Conference on Urban Construction and Management Engineering, IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, IOP Publishing, Vol. 608, Oct. 2020.
• Akinobu SAKATA, Takamasa KIKUCHI, Ryuichi OKUMURA, Masaaki KUNIGAMI, Atsushi YOSHIKAWA, Masayuki YAMAMURA, Takao TERANO. Uncovering Users’ Decisions through Serious Game Playing with A Formal Description Method, The 13th China-Japan International Workshop on Information Technology & Control Applications (ITCA2020), Proceedings of the Thirteenth China-Japan International Workshop on Information Technology and Control Applications, 2020 The 13th China-Japan International Workshop on Information Technology and Control Applications, Sept. 2020.
• Ken Komiya, Teruya Enomoto, Masayuki Yamamura. Construction of DNA Amplification Circuit for Directing DNA Nanodevices and Quantifying Nucleic Acids, Twentyfifth International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming (DNA25), Aug. 2019.
• Nishida, A., Sekine, R., Kiga, D., MASAYUKI YAMAMURA. High-frequency noise attenuation of a two-component system responding to short-pulse input, ACM International Conference Proceeding Series, pp. 28-35, 2016.
• Akama, S., MASAYUKI YAMAMURA, Kigawa, T.. Multi-objective robust optimization for in vitro RNA synthesis, Proceedings of the 6th IASTED International Conference on Computational Intelligence and Bioinformatics, CIB 2011, pp. 74-80, 2011.
• Arai, H., Tochio, N., Kato, T., Kigawa, T., MASAYUKI YAMAMURA. An accurate prediction method for protein structural class from signal patterns of NMR spectra in the absence of chemical shift assignments, 10th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering 2010, BIBE 2010, pp. 32-37, 2010.
• Masayuki Yamamura, Noriko Hirayama, Ken Komiya. An Implementation of Aqueous Memory Molecules with Light Responsive DNAs, 2007 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC2007), Proceedings of 2007 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC2007), pp. 1843-1848, Sept. 2007.

国内会議発表 (査読有り)

• 青山和裕, 岡島彩莉, 山村雅幸, 吉川厚. 算数・数学における児童・生徒の学習状態の解析に関する研究~生理計測データと教師による主観的評価を照合して~, 日本科学教育学会第４６回年会, 日本科学教育学会年会論文集, 一般社団法人 日本科学教育学会, 46, pp. 31-34, Sept. 2022.
• 藤堂 健世, 大河 勇斗, 佐藤 元己, 岡本 将輝, 丸山 雄平, 北澤正樹, 高橋 聡, 吉川 厚, 山村 雅幸. 対話エージェントの外見属性による自己開示への影響分析, 日本認知科学会第３８回大会, 日本認知科学会第38回大会発表論文集, 日本認知科学会, pp. 538-543, Sept. 2021.
• Jiateng Pan, Atsushi Yoshikawa, Masayuki Yamamura. Bias-generating Agent-based Simulation and its Application to Election Systems, JSAI Special Interest Group on Business Informatics (SIG-BI #17), JSAI Special Interest Group on Business Informatics (SIG-BI #17), Japanese Society for Artificial Intelligence, Jan. 2021.
• 藤堂 健世, 吉川 厚, 山村 雅幸. ボンガルド問題を利用した文脈による概念形成の模索, 日本認知科学会 第37回大会, 日本認知科学会第37回大会発表論文集, 日本認知科学会, pp. 864-868, Sept. 2020.
• 坂田 顕庸, 坂平 文博, 國上 真章, 吉川 厚, 山村 雅幸, 寺野 隆雄. 二重課題法による課題解決時のひらめきの計測方法の提案, 2019年度日本認知科学会第36回大会, 日本認知科学会第36回大会発表論文集, 日本認知科学会, pp. 293-297, Sept. 2019.

国際会議発表 (査読なし・不明)

• Akinobu Sakata, Takamasa Kikuchi, Ryuichi Okumura, Masaaki Kunigami, Atsushi Yoshikawa, Masayuki Yamamura, Takao Terano. The Shin-Life Career Game: Pursuing Your New Life Style through Gaming Simulation, eKNOW 2021, The Thirteenth International Conference on Information, Process, and Knowledge Management, eKNOW 2021, The Thirteenth International Conference on Information, Process, and Knowledge Management, International Academy, Research, and Industry Association, pp. 14-20, July 2021.
• Toshikazu Taki, Ken Komiya, Masayuki Yamamura. Autonomous Restoration of a DNA Track for a Sustained Walk of a DNA Walking Device Driven by Nicking Reaction, 8th Annual Conference on Foundation of Nanoscience (FNANO11), 8th Annual Conference on Foundation of Nanoscience (FNANO11), pp. 22-23, Apr. 2011.
• Hiromi Arai, Masayuki Yamamura. Predicting protein disordered region from classified data, EABS&BSJ2006 (Fifth East Asian Biophysics Symposium & Forty-Fourth Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan), 社団法人日本分子生物学会, pp. 475, Dec. 2006.
• Satoshi KIRA, Masayuki YAMAMURA, Seiki KURAMITSU. Predicting the Expression Levels of Recombinant Protein by using Reinforcement Learning, the 8th IASTED International Conference on Intelligence Systems and Control (ISC2005), IASTED press, pp. 471-476, Oct. 2005.
• Shigeo DOI, Masayuki YAMAMURA. Congestion Detection and Clearing History of Trip Time in AntNet, IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC2005), IEEE Press, pp. 1621-1628, Sept. 2005.

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 潘佳騰, 吉川厚, 山村雅幸. 人の集まりからソーシャルへの影響-選挙の例から, 情報処理学会第86 回全国大会, 人の集まりからソーシャルへの影響-選挙の例から, Mar. 2024.
• 藤堂 健世, 大河 勇斗, 佐藤 元己, 岡本 将輝, 丸山 雄平, 北澤 正樹, 高橋 聡, 吉川 厚, 山村 雅幸. ストレスを軽減し情報を正確に開示させる対話エージェントキャラクターの開発, 第４回日本メディカルAI学会学術集会, June 2022.
• 石沢涼太, 北澤 正樹, 高橋 聡, 吉川 厚, 山村 雅幸. ベイジアンネットワークを用いた小中学校の学力上昇下降を分ける問題分析, 学習分析学会 2021年度 第2回研究会, Dec. 2021.
• Miao Lin, Atsushi Yoshikawa, Satoshi Takahashi, Masayuki Yamamura. The effect of the ratio of text and images in comics on learning effects, 第5回コミック工学研究会, 第5回コミック工学研究会予稿集, The Institute of Electronics, Information and Communication Engineers, pp. 62-65, Mar. 2021.
• 藤堂 健世, 大河 勇斗, 佐藤 元己, 岡本 将輝, 北澤 正樹, 高橋 聡, 吉川 厚, 山村 雅幸. 対話エージェントの外見属性による被験者の対話変容の確認, HAIシンポジウム2021, HAI シンポジウム 2021 Human-Agent Interaction Symposium 2021, HAIシンポジウム2021運営委員会, Mar. 2021.
• Shuntaro Sato, Masayuki Yamamura, Ken Komiya. Optimization of the multi-step DNA computing reaction using oxDNA MD simulation, CBI学会2020年大会, Oct. 2020.
• Shuntaro Sato, Masayuki Yamamura, Ken Komiya. Optimization of the multi-step DNA computing reaction that implements a state machine, 第58回日本生物物理学会年会, Sept. 2020.
• 青木亮麿, 北澤正樹, 高橋聡, 吉川厚, 山村雅幸. 系統的な欠損を持つデータにおける項目序列決定手法の提案, 教育システム情報学会 2019年度学生研究発表会, 教育システム情報学会 2019年度学生研究発表会, 一般社団法人 教育システム情報学会, pp. 63-64, Mar. 2020.
• 坂田顕庸, 國上真章, 吉川厚, 山村雅幸, 寺野隆雄. ゲームプレイ時のプレイヤの運動主体感:プレイヤの注意と運動主体感の関係, 情報処理学会 第43回GI研究発表会, 研究報告ゲーム情報学（GI）, 一般社団法人 情報処理学会, Vol. 2020-GI-43, No. 15, pp. 1-6, Mar. 2020.
• 戸田綾佳, 久野弘暉, 高橋聡, 吉川厚, 山村雅幸. 学習における評価の時系列変化に着目した評価変動要因の分析, 教育システム情報学会 2019年度学生研究発表会, 教育システム情報学会 2019年度学生研究発表会, 一般社団法人 教育システム情報学会, pp. 65-66, Mar. 2020.
• 青木 亮磨, 北澤 正樹, 高橋 聡, 吉川 厚, 山村 雅幸. 大学入試における合格実績データに系統的な欠損がある場合の大学入試難易度序列の決定手法の提案, 日本科学教育学会研究会研究報告, 一般社団法人 日本科学教育学会, Vol. 34, No. 3, pp. 159-164, Dec. 2019.
• Ken KOMIYA, Noda Chizuru, Teruya Enomoto, MASAYUKI YAMAMURA. Experimental Investigation of DNA Generation Circuits toward Molecular Robot Control, CBI学会2019年大会, Oct. 2019.
• Ken KOMIYA, Teruya Enomoto, MASAYUKI YAMAMURA. Characterization of DNA Generation Circuits for Controlling DNA Nanodevices, 第57回日本生物物理学会年会, Sept. 2019.
• 戸田綾佳, 久野弘暉, 高橋聡, 山村雅幸, 吉川厚. 学習における評価の時系列変化に着目した複数科目間の評価の関係, 日本科学教育学会第４３回年会, 日本科学教育学会第４３回年会論文集, Aug. 2019.
• 榎本輝也, 山村雅幸, 小宮健. 微小チャンバーを用いた低温増幅反応による核酸のデジタル計測技術の開発, ImPACT野地プログラム 最終成果報告会, Mar. 2019.
• 榎本輝也, 小宮健, 山村雅幸. 細胞サイズのチャンバー内における等温核酸増幅反応とデジタル計測技術の開発, 第2回分子ロボティクス年次大会, Mar. 2019.
• 小宮健, 榎本輝也, 曽我直樹, 田端和仁, 野地博行, 山村雅幸. 細胞サイズの液滴内における等温DNA増幅反応挙動の検証, 第1回分子ロボティクス年次大会, Mar. 2018.
• 若林優太, 小宮健, 山村雅幸. 好熱性細菌を対象としたリボソームの立体構造比較, 極限環境生物学会2016年度（第17回）年会, Nov. 2016.
• 小宮健, 若林優太, 山村雅幸. 翻訳機構の進化過程解明に向けたリボソームの立体構造比較, 「細胞を創る」研究会9.0, Nov. 2016.
• Ken Komiya, Chizuru Noda, Makoto Komori, Kesu Dong, Toshio Takenaka, Teruya Enomoto, Toru Yoshimura, Masayuki Yamamura. Construction of an isothermal DNA amplification reaction system for simplified nucleic acid test, 第10回バイオ関連化学シンポジウム, Sept. 2016.
• Ken Komiya, Chizuru Noda, Masayuki Yamamura. Construction of a DNA Generation Circuit for a Molecular Robot, CBI学会2015年大会, Oct. 2015.
• Ken Komiya, Kesu Dong, Toshio Takenaka, Masayuki Yamamura. Construction of a DNA generation reaction system for autonomous DNA-based computing at a physiological temperature, 第53回日本生物物理学会年会, Sept. 2015.
• Ken Komiya, Makoto Komori, Erimi Harada, Takashi Nemoto, Masayuki Yamamura, Toru Yoshimura. Construction of an isothermal exponential amplification reaction system for highly sensitive nucleic acid test, 日本化学会第95春季年会, Mar. 2015.
• 小宮健, 山村雅幸. DNA応答型ナノマシンの動作を指定するDNAシグナル生成機構の構築, 日本機械学会 第６回マイクロ・ナノ工学シンポジウム, 日本機械学会 第６回マイクロ・ナノ工学シンポジウム講演論文集, pp. (2 pages), Oct. 2014.
• 外舘悠仁, 小宮健, 山村雅幸. DNAナノマシンによる歩行動作の温度特性の検証, 日本機械学会 第６回マイクロ・ナノ工学シンポジウム, 日本機械学会 第６回マイクロ・ナノ工学シンポジウム講演論文集, pp. (2 pages), Oct. 2014.
• Ken KOMIYA, Asako Kobayashi, Masayuki Yamamura. Construction of molecular modules for an intelligent molecular robot that implements sensing, judgment and synthesis for controlling biological events without human intervention, 「細胞を創る」研究会4.0, Oct. 2011.
• Ken KOMIYA, Asako Kobayashi, Masayuki Yamamura. Construction of a molecular robot system that autonomously monitors, judges, and controls biomolecular reaction, 第49回日本生物物理学会年会, Sept. 2011.
• Ken KOMIYA, Masayuki Yamamura, John. A. Rose. Thermal band pass filter implemented with a bistable DNA, 第47回日本生物物理学会年会, Nov. 2009.
• 山村雅幸. 細胞ウェアの理論的・システム科学的側面, 第２１回回路とシステム軽井沢ワークショップ予稿集, pp. 291-293, Apr. 2008.
• 山村雅幸, 亀田祥平. 時系列クラスタリングのためのスパイダーアルゴリズム, バイオ情報学研究会, 社団法人情報処理学会, Vol. 2006-BIO-5, pp. 65-68, May 2006.
• 猪股聡史, 山村雅幸. Simplexスライディングモード制御における制御ベクトルの設計法, 第33回知能システムシンポジウム, 社団法人計測自動制御学会, pp. 135-140, Mar. 2006.
• 荒井ひろみ, 木川隆則, 山村雅幸. NMR測定データのマイニングによるタンパク質不安定性予測, 第33回知能システムシンポジウム, 社団法人計測自動制御学会, pp. 267-272, Mar. 2006.
• 小林航生, 山村雅幸. リズム運動の強化学習における有効な状態構成法, 第33回知能システムシンポジウム, 社団法人計測自動制御学会, pp. 25-30, Mar. 2006.
• 山村雅幸, 平山則子, 清尾康志, 藤本建造, 藤井輝夫. 光結合DNAを用いたアクエアスメモリーの作成, 第33回知能システムシンポジウム, 社団法人計測自動制御学会, pp. 225-228, Mar. 2006.
• 山村雅幸, 萩谷昌己. 分子コンピューティングの現状と新展開, 第28回情報・システム・利用・技術シンポジウム, 社団法人日本建築学会, pp. 286-293, Dec. 2005.
• 山村雅幸, 清尾康志, 藤本健造. アクエアスコンピューティングのスケールアップ, 第32回知能システムシンポジウム, 社団法人計測自動制御学会, pp. 339-344, Mar. 2005.
• 新野賢央, 山村雅幸. 分子強化学習の実現に関する研究, 第32回知能システムシンポジウム, 社団法人計測自動制御学会, pp. 333-338, Mar. 2005.
• 土居茂雄, 山村雅幸. 負荷変動の局所性にロバストなルーティングアルゴリズムの提案, 第32回知能システムシンポジウム, 社団法人計測自動制御学会, pp. 359-362, Mar. 2005.

その他の論文・著書など

• 山村雅幸. 進化型計算のDNA実装とその応用, 電気学会誌 = The journal of the Institute of Electrical Engineers of Japan, The Institute of Electrical Engineers of Japan, Vol. 132, No. 4, pp. 221-224, Apr. 2012.
• Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura. Synthetic Biology, Tutorial on Programming Natural Systems: Part2. Programming Cells, New Generation Computing, Vol. 26, No. 4, pp. 347-364, Apr. 2008.
• 山村雅幸. 分子メモリと分子機械の実現と利用法, 高分子, Vol. 56, No. 12, p. 986, Dec. 2007.
• 木賀大介, 山村雅幸. 構成的生物学－つくることで理解する生物学－, 人工知能学会誌, Vol. 20, No. 6, pp. 715-721, June 2005.

特許など

• 瀧ノ上正浩, 山村雅幸, 伊藤　真奈美 , 上仲　恵美, 高谷　和宏 , 今村　壮輔. 土壌微生物の観察デバイス及び観察方法. 特許. 公開. 国立大学法人東京工業大学, 日本電信電話株式会社. 2023/01/16. 特願2023-004537. 2024/07/26. 特開2024-100500. 2024.

学位論文

• 拡張EBLの理論と問題解決への応用,  本文,  工学博士,  東京工業大学,  1990/03/26,   

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