論文

• Kota Kasahara, Benson Ma, Kota Goto, Bhaskar Dasgupta, Junichi Higo, Ikuo Fukuda, Tadaaki Mashimo, Yutaka Akiyama, Haruki Nakamura. myPresto/omegagene: a GPU-accelerated molecular dynamics simulator tailored for enhanced conformational sampling methods with a non-Ewald electrostatic scheme, Biophysics and Physicobiology, Vol. 13（2016）, p. 209-216, Aug. 2016.

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 後藤公太, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰. 配列相同性検索ツールGHOSTZ-GPUのMPI環境における高速化, 情報処理学会 第53回バイオ情報学研究会, 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-53, 7, 1-8, Mar. 2018.
• 後藤公太, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰. 配列相同性検索ツールGHOSTZ-GPUのMPI環境における高速化, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学（BIO）, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2018-BIO-53, 7, 1-8, Mar. 2018.  公式リンク  
  
• Marina Yamasawa, Tomoya Fujii, Kota Goto, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Kazuyuki Ishihara, Yutaka Akiyama. GPU/MPI Parallelization of Metagenomic Sequence Homology Search Tool and Its Application to Oral Metagenomics, Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), Sept. 2016.
• Kota Goto, Kota Kasahara, Masahito Ohue, Haruki Nakamura, Yutaka Akiyama. Accelerating SHAKE Calculation of myPresto/omegagene Molecular Dynamics Simulation on CPU/GPU heterogeneous environment, Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), Sept. 2016.
• 後藤 公太, 笠原 浩太, 大上 雅史, 中村 春木, 秋山 泰. SHAKE法に着目した分子動力学ソフトウェアmyPresto/OmegageneのCPU・GPU混在環境における高速化, 情報処理学会 第46回バイオ情報学研究会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2016-BIO-46, 17, 1-7, June 2016.  公式リンク  
  

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