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秋山泰 2013年 研究業績一覧 (43件 / 584件)
論文
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Masahito Ohue,
Yuri Matsuzaki,
Takehiro Shimoda,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
Highly Precise Protein-Protein Interaction Prediction Based on Consensus Between Template-Based and de Novo Docking Methods,
BMC Proceedings,
BioMed Central,
Volume 7,
Supplement 7,
S6,
Dec. 2013.
公式リンク
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石田 貴史,
秋山泰,
関嶋 政和,
大野 一樹,
折田 正弥.
顧みられない熱帯病に対するIT創薬の現状 (今田治教授退任記念号・兵藤友博教授退任記念号),
立命館経営学,
立命館大学,
Vol. 52,
No. 2,
pp. 267-282,
Nov. 2013.
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Hagiwara Y,
Ohno K,
Orita M,
Koga R,
Endo T,
Akiyama Y,
Sekijima M..
Accelerating quantum chemistry calculations with graphical processing units - toward in high-density (HD) silico drug discovery,
Curr Comput Aided Drug Des. 2013,
Vol. 9,
No. 3,
pp. 396-401,
Sept. 2013.
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Yuri Matsuzaki,
Nobuyuki Uchikoga,
Masahito Ohue,
Takehiro Shimoda,
Toshiyuki Sato,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
MEGADOCK 3.0: A high-performance protein-protein interaction prediction software using hybrid parallel computing for petascale supercomputing environments,
Source Code for Biology and Medicine,
BioMed Central,
Vol. 8,
No. 1,
Sept. 2013.
公式リンク
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Yuri Matsuzaki,
Masahito Ohue,
Nobuyuki Uchikoga,
Yutaka Akiyama.
Protein-protein interaction network prediction by using rigid-body docking tools: application to bacterial chemotaxis,
Protein and Peptide Letters,
Bentham Science,
Volume 21,
Issue 8,
pp. 790-798,
July 2013.
公式リンク
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Nobuyuki Uchikoga,
Yuri Matsuzaki,
Masahito Ohue,
Takatsugu Hirokawa,
Yutaka Akiyama.
Re-docking scheme for generating near-native protein complexes by assembling residue interaction fingerprints,
PLOS ONE,
Vol. 8,
No. 7,
e69365,
July 2013.
公式リンク
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Ren A,
Ishida T,
Akiyama Y.
Assessing statistical reliability of phylogenetic trees via a speedy double bootstrap method,
Mol Phylogenet Evol.,
Vol. 67,
No. 2,
pp. 429-35,
May 2013.
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Youhei Namiki,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
Acceleration of sequence clustering using longest common subsequence filtering,
BMC Bioinformatics,
Vol. 14,
Suppl 8,
S7,
May 2013.
国際会議発表 (査読有り)
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Takehiro Shimoda,
Takashi Ishida,
Shuji Suzuki,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
MEGADOCK-GPU: Acceleration of Protein-Protein Docking Calculation on GPUs,
ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2013 (ACM-BCB 2013), 2nd International Workshop on Parallel and Cloud-based Bioinformatics and Biomedicine (ParBio2013),
Proceedings of the ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2013 (ACM-BCB 2013),
Association for Computing Machinery,
pp. 883-889,
Sept. 2013.
公式リンク
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Aizhen Ren,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
SDBP: An Easy-to-use R Program Package for Assessing Reliability of Estimated Phylogenetic Trees Based on the Speedy Double Bootstrap Method,
The 2013 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'13) Workshop on Mathematical Modeling and Problem Solving,
Vol. I,
pp. 143-148,
July 2013.
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Yasufumi Obata,
Takashi Ishida,
Tohru Natsume,
Yutaka Akiyama.
Acceleration of Tandem Mass Spectrometry Analysis Software CoCoozo using Multi-core CPUs and Graphics Processing Units,
The 2013 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'13) Workshop on Mathematical Modeling and Problem Solving,
Vol. I,
pp. 149-154,
July 2013.
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Masahito Ohue,
Yuri Matsuzaki,
Takehiro Shimoda,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
Highly Precise Protein-Protein Interaction Prediction Based on Consensus Between Template-Based and de Novo Docking Methods,
Great Lakes Bioinformatics Conference 2013,
Proceedings of Great Lakes Bioinformatics Conference 2013,
pp. 100-109,
May 2013.
国際会議発表 (査読なし・不明)
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Yutaka Akiyama.
Development of GPU-accelerated Bioinformatics Application Tools for supporting Drug Discovery: A Case Study in “Drugs for NTDs” Project,
CMTPI-2013, 7-th International Symposium on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources,
Oct. 2013.
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Takehiro Shimoda,
Masahito Ohue,
Yuri Matsuzaki,
Takayuki Fujiwara,
Nobuyuki Uchikoga,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
The MEGADOCK project: Ultra-high-performance protein-protein interaction prediction tools on supercomputing environments,
ACM Conference on Bioinformatics, Computatioal Biology and Biomedical Informatics (ACM-BCB2013),
p. 668,
Sept. 2013.
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Masahito Ohue,
Yuri Matsuzaki,
Takehiro Shimoda,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
Improvement of protein-protein interaction prediction by integrating template-based and template-free protein docking,
ACM Conference on Bioinformatics, Computatioal Biology and Biomedical Informatics (ACM-BCB2013),
p. 667,
Sept. 2013.
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Yuri Matsuzaki,
Masahito Ohue,
Nobuyuki Uchikoga,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
Structure based protein-protein interaction network prediction of EGFR signaling related proteins using MEGADOCK,
2nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics,
Sept. 2013.
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Nobuyuki Uchikoga,
Yuri Matsuzaki,
Masahito Ohue,
Takatsugu Hirokawa,
Yutaka Akiyama.
Re-docking scheme of protein-protein interactions for generating near-native interaction patterns in difficult docking cases,
2nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics,
Sept. 2013.
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Takehiro Shimoda,
Takashi Ishida,
Shuji Suzuki,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
MEGADOCK-GPU: Acceleration of Protein-Protein Docking Calculation on GPUs,
2nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics,
P13,
Sept. 2013.
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Masahito Ohue,
Yuri Matsuzaki,
Takehiro Shimoda,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
Highly precise protein-protein interaction prediction by integrating template-based and template-free protein docking,
2nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics,
P08,
Sept. 2013.
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Masahito Ohue,
Yuri Matsuzaki,
Nobuyuki Uchikoga,
Kohei Yamamoto,
Takayuki Fujiwara,
Takehiro Shimoda,
Toshiyuki Sato,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
Protein-protein interaction prediction based on rigid-body docking with ultra-high-performance computing technique: applications to affinity prediction on CAPRI round 21 and interactome analyses,
CAPRI 2013 5th Evaluation Meeting,
Apr. 2013.
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Shuji Suzuki,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
An Ultra-fast Computing Pipeline for Metagenome Analysis with GPUs,
GPU Technology Conference 2013 (GTC2013),
No. P0192,
Mar. 2013.
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Yuri Matsuzaki,
Nobuyuki Uchikoga,
Masahito Ohue,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
Protein-protein interaction network prediction by using rigid-body docking tool MEGADOCK,
Biophysical Society 57th Annual Meeting,
Feb. 2013.
国内会議発表 (査読なし・不明)
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杉浦典和,
石田貴士,
秋山泰,
関嶋政和.
de Bruijn Graphの分割によるVelvetの消費メモリの低減,
第36回バイオ情報学研究会,
情報処理学会研究報告,
vol. 2013-BIO-36,
no. 6,
pp. 1-7,
Dec. 2013.
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小松祐城,
石田貴士,
秋山泰.
拡張されたナイーブベイズを用いたメタゲノム配列の系統分類,
第36回バイオ情報学研究会,
情報処理学会研究報告,
vol. 2013-BIO-36,
no. 21,
pp. 1-6,
Dec. 2013.
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渡部翔,
鈴木脩司,
石田貴士,
秋山泰.
GPGPUを用いた高速な配列相同性検索の圧縮アミノ酸を用いたアルゴリズム改良,
第36回バイオ情報学研究会,
情報処理学会研究報告,
vol. 2013,
no. 20,
pp. 1-7,
Dec. 2013.
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Masahito Ohue,
Yuri Matsuzaki,
Takehiro Shimoda,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
Highly precise protein-protein interaction prediction by integrating template-based and template-free protein docking,
The 2013 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2013),
P077,
Nov. 2013.
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石田貴士,
蓮実梢,
伴兼弘,
秋山泰.
NTDs創薬ターゲットタンパク質選択のためのデータベースiNTRODBの開発,
第54回日本熱帯医学会大会,
No. p2-53,
Oct. 2013.
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小幡 康文,
石田貴士,
夏目 徹,
秋山泰.
タンデム質量分析ソフトウェアCoCoozoのマルチコアCPUとGPUを用いた高速化,
研究報告数理モデル化と問題解決(MPS),
一般社団法人情報処理学会,
Vol. 2013,
No. 5,
pp. 1-4,
July 2013.
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下田雄大,
石田貴士,
鈴木脩司,
大上雅史,
秋山泰.
MEGADOCK-GPU: GPUによるタンパク質間ドッキング計算の高速化,
GTC Workshop Japan 2013,
No. 1,
July 2013.
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渡部翔,
鈴木脩司,
石田貴士,
秋山泰.
GPUを用いた配列相同性検索ツールGHOSTMの圧縮アミノ酸による高速化,
GTC Workshop Japan 2013,
July 2013.
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任 愛珍,
石田貴士,
秋山泰.
SDBP: スピーディー・ダブルブートストラップ法に基づいた系統樹の信頼性評価のためのRパッケージ,
研究報告数理モデル化と問題解決(MPS),
一般社団法人情報処理学会,
Vol. 2013,
No. 4,
pp. 1-4,
July 2013.
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齊藤 有紀,
石田貴士,
関嶋 政和,
秋山泰.
結合自由エネルギー計算を用いた薬物クリアランス経路予測の改善 (ニューロコンピューティング),
電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報,
一般社団法人電子情報通信学会,
Vol. 113,
No. 111,
pp. 83-88,
June 2013.
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大上雅史,
松崎由理,
内古閑伸之,
石田貴士,
秋山泰.
MEGADOCK:構造ドッキング計算を用いたタンパク質間相互作用の大規模予測,
第13回日本蛋白質科学会年会,
1P-059,
June 2013.
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鈴木脩司,
石田貴士,
秋山泰.
データベースの部分文字列クラスタリングによるアミノ酸配列相同性検索の高速化,
第34回バイオ情報学研究会,
情報処理学会研究報告,
vol. 2013-BIO-34,
no. 14,
pp. 1-7,
June 2013.
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吉川舜亮,
石田貴士,
関嶋政和,
秋山泰.
Sparse k-mer graphアルゴリズムの評価とVelvetへの実装,
第34回バイオ情報学研究会,
情報処理学会研究報告,
vol. 2013-BIO-34,
no. 1,
pp. 1-7,
June 2013.
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小幡康文,
石田貴士,
夏目徹,
秋山泰.
GPGPUによるタンパク質タンデム質量分析の高速化,
第34回バイオ情報学研究会,
情報処理学会研究報告,
vol. 2013-BIO-34,
no. 13,
pp. 1-8,
June 2013.
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齊藤有紀,
石田貴士,
関嶋政和,
秋山泰.
結合自由エネルギー予測を用いたクリアランス経路予測の改善に関する研究,
第34回バイオ情報学研究会,
情報処理学会研究報告,
vol. 2013-BIO-34,
no. 15,
pp. 1-6,
June 2013.
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松崎由理,
大上雅史,
石田貴士,
内古閑伸之,
秋山泰.
大規模タンパク質間ネットワーク推定に関する研究,
平成24年度「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題中間報告会,
Mar. 2013.
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秋山泰,
松崎由理,
石田貴士,
大上雅史,
内古閑 伸之.
網羅的タンパク質ドッキング予測プログラムMEGADOCKの開発と応用,
文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ (HPCI) の構築」HPCI戦略プログラム「グランドチャレンジ・アプリケーションの研究開発」公開シンポジウム,
Mar. 2013.
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大上雅史,
松崎由理,
内古閑伸之,
山本航平,
下田雄大,
藤原隆之,
石田貴士,
秋山泰.
MEGADOCK 3.0:超並列タンパク質間相互作用予測システム,
生命情報科学若手の会 第4回研究会,
Mar. 2013.
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秋山泰,
松崎由理,
大上雅史,
石田貴士,
内古閑伸之.
網羅的タンパク質ドッキング解析プログラムMEGADOCKの開発と応用,
ISLiMソフトウェア研究開発報告会,
Jan. 2013.
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大上雅史,
松崎由理,
石田貴士,
秋山泰.
MEGADOCK: 大規模タンパク質間相互作用予測システムとその応用,
HPCS2013 ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム,
Jan. 2013.
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Yutaka Akiyama.
Large-scale protein-protein interaction network prediction by an exhaustive rigid docking system MEGADOCK,
ISLiM国際シンポジウム,
2013.
公式リンク
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