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大上雅史 2022年 研究業績一覧 (47件 / 351件)
論文
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Masatake Sugita,
Takuya Fujie,
Keisuke Yanagisawa,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
Lipid Composition Is Critical for Accurate Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides by Molecular Dynamics Simulations,
Journal of Chemical Information and Modeling,
American Chemical Society,
Volume 62,
Issue 18,
pp. 4549-4560,
Sept. 2022.
公式リンク
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Keisuke Yanagisawa,
Rikuto Kubota,
Yasushi Yoshikawa,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
Effective Protein-Ligand Docking Strategy via Fragment Reuse and a Proof-of-Concept Implementation,
ACS Omega,
American Chemical Society,
Volume 7,
Issue 34,
pp. 30265-30274,
Aug. 2022.
公式リンク
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Takatsugu Kosugi,
Masahito Ohue.
Solubility-aware protein binding peptide design using AlphaFold,
Biomedicines,
MDPI,
Volume 10,
Issue 7,
July 2022.
公式リンク
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Yoshio Ri,
Yanagisawa K,
Yoshikawa Y,
Ohue M,
Akiyama Y..
Plasma protein binding prediction focusing on residue-level features and circularity of cyclic peptides by deep learning,
Bioinformatics,
Volume 38,
Issue 4,
1110-1117,
Feb. 2022.
公式リンク
国際会議発表 (査読有り)
国内会議発表 (査読なし・不明)
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Yuki Kojima,
Takatsugu Kosugi,
Masahito Ohue.
Molecular Generation for Protein-Protein Interaction Inhibitor Design focusing on Physicochemical Properties,
CBI学会2022年大会,
Oct. 2022.
公式リンク
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大上雅史.
AI創薬・生命科学関連技術の進展とそれを支えるGPUソリューション,
CBI学会2022年大会,
Oct. 2022.
公式リンク
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Kairi Furui,
Masahito Ohue.
Compound virtual screening by learning-to-rank with gradient boosting decision tree and enrichment-based cumulative gain,
第6回Tokyo Bioinformatics Meeting,
Oct. 2022.
公式リンク
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石沢涼太,
大上雅史.
フラグメントリンキング法に基づくPROTAC分子リンカー設計,
第6回Tokyo Bioinformatics Meeting,
Oct. 2022.
公式リンク
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杉田駿也,
大上雅史.
予測モデルの性質を考慮した適用領域による薬剤標的親和性予測,
第6回Tokyo Bioinformatics Meeting,
Oct. 2022.
公式リンク
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Keisuke Uchikawa,
Kairi Furui,
Masahito Ohue.
Investigation of AlphaFold2 predictive structure generation method suitable for structure-based virtual screening,
第6回Tokyo Bioinformatics Meeting,
Oct. 2022.
公式リンク
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冨樫慧乃辰,
大上雅史.
環状ペプチド複合体の構造データベース構築と相互作用解析,
第6回Tokyo Bioinformatics Meeting,
Oct. 2022.
公式リンク
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Takafumi Ueki,
Masahito Ohue.
Improvement of physical properties by redesigning antibody sequences using AfDesign,
第6回Tokyo Bioinformatics Meeting,
Oct. 2022.
公式リンク
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兒嶋佑季,
小杉孝嗣,
大上雅史.
タンパク質間相互作用阻害化合物ライブラリ構築のための分子生成手法の開発,
第6回Tokyo Bioinformatics Meeting,
Oct. 2022.
公式リンク
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Apakorn Kengkanna,
大上雅史.
Multiple Molecular Graph Representation Learning and Interpretation for Molecular Property/Activity Prediction in Drug Discovery,
第6回Tokyo Bioinformatics Meeting,
Oct. 2022.
公式リンク
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大上雅史.
タンパク質間相互作用を狙う創薬インフォマティクス,
筑波大学計算科学研究センター 計算メディカルサイエンスワークショップ2022,
Oct. 2022.
公式リンク
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Kairi Furui,
Masahito Ohue.
Lead optimization through active learning using free energy perturbation,
CBI学会2022年大会,
Oct. 2022.
公式リンク
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大上雅史.
創薬研究におけるAI技術,
Oct. 2022.
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大上 雅史.
博士人材の多様なキャリアパス,
第11回生命医薬情報学連合大会,
Sept. 2022.
公式リンク
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Yuki Kojima,
Takatsugu Kosugi,
Masahito Ohue.
Molecular Generation for Protein-Protein Interaction Inhibitor Design focusing on Physicochemical Properties,
IIBMP2022,
Sept. 2022.
公式リンク
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Kairi Furui,
Masahito Ohue.
Evaluation of Compound Virtual Screening Performance Using Learning-to-Rank in Diverse Experimental Scenarios,
IIBMP2022,
Sept. 2022.
公式リンク
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Wenxing Hu,
Masahito Ohue.
Protein-Protein Interaction Prediction Based On Atomic Volume Distributions With AlphaFold Multimer,
IIBMP2022,
Sept. 2022.
公式リンク
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Shunya Sugita,
Masahito Ohue.
Drug-target affinity prediction using applicability domain considering the characteristics of the prediction model,
IIBMP2022,
Sept. 2022.
公式リンク
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Takatsugu Kosugi,
Masahito Ohue.
Solubility-Aware Protein Binding Peptide Design Using AlphaFold,
IIBMP2022,
Sept. 2022.
公式リンク
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大上雅史.
情報学で挑むバイオ・創薬イノベーション,
生物物理夏の学校2022,
Sept. 2022.
公式リンク
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大上雅史.
AIが加速する創薬・生命科学,
NVIDIA/湘南アイパーク共催 メンバーシップ入会記念オンラインセミナー 「NVIDIA AI Colloquim」,
Aug. 2022.
公式リンク
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大上雅史.
タンパク質の理解と制御のための構造インフォマティクス,
第65回日本腎臓学会学術総会,
June 2022.
公式リンク
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大上雅史.
AlphaFoldの計算創薬への応用と今後,
第434回CBI学会講演会 「タンパク質立体構造予測の最前線~AlphaFold2は創薬に真のブレークスルーをもたらすのか~」,
May 2022.
公式リンク
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大上雅史.
タンパク質間相互作用の理解と制御のための構造インフォマティクス,
第32回バイオメディカル研究会「最先端構造解析の現状と課題」,
May 2022.
公式リンク
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兒嶋佑季,
小杉孝嗣,
大上雅史.
タンパク質間相互作用阻害剤設計のための分子生成手法の開発,
第26回オープンバイオ研究会,
Mar. 2022.
公式リンク
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大上雅史.
AI・計算科学が加速する生命科学,
「機能タンパク質の構造と機能のダイナミクスと、それに基づく細胞・生体システム作動機構の研究拠点の形成」最終成果報告会,
Mar. 2022.
公式リンク
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古井海里,
大上雅史.
ランク学習を用いた化合物スクリーニングにおける多様なアッセイデータの統合戦略,
第26回オープンバイオ研究会,
Mar. 2022.
公式リンク
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古井海里,
大上雅史.
ランク学習を用いた化合物スクリーニングにおける多様なアッセイデータの統合戦略,
情報処理学会第84回全国大会,
Mar. 2022.
公式リンク
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兒嶋佑季,
小杉孝嗣,
大上雅史.
タンパク質間相互作用阻害剤設計のための分子生成手法の開発,
情報処理学会第84回全国大会,
Mar. 2022.
公式リンク
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大上雅史.
AI・計算科学が加速する生命科学,
日本農芸化学会 産学官若手交流会 第37回さんわかセミナー「生命科学のDX:農化系ラボのデジタル展開を探る」,
Jan. 2022.
その他の論文・著書など
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大上雅史.
AlphaFold2の登場と創薬への影響,
革新的AI創薬~医療ビッグデータ、人工知能がもたらす創薬研究の未来像~,
株式会社エヌ・ティー・エス,
July 2022.
公式リンク
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古井海里,
大上雅史.
多様な実験設定におけるランク学習を用いた化合物スクリーニングの性能評価,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2022-BIO-70,
49,
1-6,
June 2022.
公式リンク
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能祖雄大,
杉田昌岳,
藤江拓哉,
柳澤渓甫,
大上雅史,
秋山泰.
分子動力学シミュレーション軌跡データからの環状ペプチドの膜透過性と相関が高い特徴量の抽出,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2022-BIO-70,
50,
1-8,
June 2022.
公式リンク
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兒嶋佑季,
小杉孝嗣,
大上雅史.
物理化学的特性に着目したタンパク質間相互作用阻害候補化合物の生成,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2022-BIO-70,
48,
1-6,
June 2022.
公式リンク
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杉田駿也,
大上雅史.
適用領域を考慮した薬剤標的親和性予測,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2022-BIO-69,
4,
1-6,
Mar. 2022.
公式リンク
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稲垣雅也,
柳澤渓甫,
大上雅史,
秋山泰.
フラグメント化された化合物立体構造データベースの構築,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2022-BIO-69,
15,
1-8,
Mar. 2022.
公式リンク
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山崎眞拓,
伊澤和輝,
平田稜,
柳澤渓甫,
大上雅史,
秋山泰.
結合エネルギーを考慮したゲノムワイドな高速短鎖核酸配列検索手法の開発,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2022-BIO-69,
8,
1-8,
Mar. 2022.
公式リンク
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玉野史結,
伊澤和輝,
柳澤渓甫,
大上雅史,
秋山泰.
Gapmer型ASOにおけるオフターゲット効果のリスク評価手法の提案,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2022-BIO-69,
7,
1-7,
Mar. 2022.
公式リンク
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津嶋佑旗,
柳澤渓甫,
大上雅史,
秋山泰.
新たなデータセットによる長距離フラグメントリンキング手法の再評価,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2022-BIO-69,
16,
1-8,
Mar. 2022.
公式リンク
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杉田駿也,
大上雅史.
自由エネルギー摂動法計算における化合物ネットワーク構造の効率化,
研究報告数理モデル化と問題解決(MPS),
情報処理学会,
2022-MPS-137,
12,
1-6,
Feb. 2022.
公式リンク
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大上雅史.
AlphaFoldのタンパク質立体構造予測の性能,
実験医学2022年2月号,
羊土社,
Vol. 40,
No. 2,
pp. 427-430,
Jan. 2022.
公式リンク
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大上雅史.
AlphaFold利用のすすめ,
実験医学2022年2月号,
羊土社,
Vol. 40,
No. 2,
pp. 433-438,
Jan. 2022.
公式リンク
特許など
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秋山泰,
大上雅史,
柳澤渓甫,
吉川寧,
李佳男.
予測装置、学習済みモデルの生成装置、予測方法、学習済みモデルの生成方法、予測プログラム、及び学習済みモデルの生成プログラム.
特許.
登録.
国立大学法人東京工業大学.
2021/03/05.
特願2021-035648.
特許第7057004号.
2022/04/11
2022.
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秋山泰,
大上雅史,
柳澤渓甫,
吉川寧,
杉田昌岳,
藤江 拓哉,
杉山聡,
村田翔太朗.
予測装置、学習済みモデルの生成装置、予測方法、学習済みモデルの生成方法、予測プログラム、及び学習済みモデルの生成プログラム.
特許.
登録.
国立大学法人東京工業大学.
2021/02/26.
特願2021-031234.
特許第7057003号.
2022/04/11
2022.
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秋山泰,
大上雅史,
柳澤渓甫,
吉川寧.
情報処理装置、情報処理方法、情報処理プログラム、及び情報処理システム.
特許.
登録.
国立大学法人東京工業大学.
2021/02/17.
特願2021-023750.
2022/05/25.
特開2022-078924.
特許第7125575号.
2022/08/17
2022.
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