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論文・著書情報


タイトル
和文:ハッシュテーブルの分割によるde novoアセンブリの改良 
英文:De novo sequence assembly based on divided hash tables 
著者
和文: 杉浦典和, 石田貴士, 関嶋政和, 秋山泰.  
英文: Sugiura Norikazu, Ishida Takashi, Sekijima Masakazu, Akiyama Yutaka.  
言語 Japanese 
掲載誌/書名
和文:情報処理学会研究報告 
英文:IPSJ SIG Technical Report 
巻, 号, ページ 2012-BIO-29       
出版年月 2012年6月29日 
出版者
和文:情報処理学会 
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会議名称
和文:情報処理学会第29回バイオ情報学研究発表会 
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開催地
和文:沖縄県 
英文:Okinawa 
アブストラクト 代表的なde novo アセンブラの一つであるVelvet は，大規模なゲノムのアセンブリにおいて消費メ モリ量の多さが課題とされている．本稿ではハッシュテーブルを分割することで，特に消費メモリ量の多 い前半のvelveth の消費メモリを削減する手法を提案した．またハッシュテーブルを分割する手法として， 新たにリード分割法を提案した．リード分割法の提案により，従来より提案されているk-mer 値に応じた 分割法に比べ，少数計算機で実行する際の実行時間の削減に成功した．

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