MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のヒトアポトーシスパスウェイ解析への応用

大上雅史; 松崎由理; 石田貴士; 秋山泰

論文・著書情報

タイトル

和文:	MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のヒトアポトーシスパスウェイ解析への応用
英文:	An Application of Protein-Protein Interaction Prediction to Human Apoptotsis Signal Transduction Pathway Analysis by Using MEGADOCK

著者

和文:	大上雅史, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰.
英文:	Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama.

言語

Japanese

掲載誌/書名

和文:	研究報告バイオ情報学（BIO）
英文:

巻, 号, ページ

Vol. 2012-BIO-32 No. 13 pp. 1-8

出版年月

2012年11月29日

出版者

和文:	情報処理学会
英文:

会議名称

和文:	第32回バイオ情報学研究会
英文:

開催地

和文:	京都
英文:

公式リンク

https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=87206&item_no=1&page_id=13&block_id=8

アブストラクト

我々が開発している MEGADOCK は，立体構造情報からタンパク質間相互作用 (Protein-Protein Interaction, PPI) を予測するソフトウェアであり，これまで細菌走化性シグナル伝達パスウェイでその性能評価が行われてきたが，その他のパスウェイでの評価はまだ行われていなかった．別パスウェイでの性能評価のために，本研究では MEGADOCK をヒトアポトーシスパスウェイ中のタンパク質群に適用し， PPI 予測を行った．その結果，構造情報の得られた 57 タンパク質から 452 の PPI が予測され，そのうち 88 の PPI が既知 PPI データベース情報として存在することを確認した．既知複合体構造をテンプレート情報として用いる PRISM の予測性能と比較すると， MEGADOCK は PRISM に比べてわずかに低い結果となった．予測結果の内容については， MEGADOCK は PRISM と大きく異なっていることが分かったので，双方のコンセンサスを取り，より信頼性の高い予測を行うことを試みた．その結果，予測の信頼度である Precision 値を改善させることに成功した．コンセンサスによる結果から未知 PPI として予測されたものの中には，実際に相互作用する可能性が高いと考えられるタンパク質ペアがいくつか含まれていることが分かった．

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