簡易疎水性相互作用モデルによるタンパク質間ドッキング予測の高精度化

大上雅史; 石田貴士; 秋山泰

論文・著書情報

タイトル

和文:	簡易疎水性相互作用モデルによるタンパク質間ドッキング予測の高精度化
英文:	Improvement of the Protein-Protein Docking Prediction by Introducing a Simple Hydrophobic Interaction Model

著者

和文:	大上雅史, 石田貴士, 秋山泰.
英文:	Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama.

言語

Japanese

掲載誌/書名

和文:	研究報告バイオ情報学（BIO）
英文:

巻, 号, ページ

vol. 2012-BIO-29 no. 21 p. 1-3

出版年月

2012年6月21日

出版者

和文:	情報処理学会
英文:

会議名称

和文:	第29回バイオ情報学研究会
英文:

開催地

和文:	沖縄
英文:

公式リンク

https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=82659&item_no=1&page_id=13&block_id=8

アブストラクト

タンパク質間ドッキング予測ソフトウェア MEGADOCK では，従来は形状相補性と静電相互作用の 2 つの効果を評価関数としていたが，本研究では新たに Atomic Contact Energy による疎水性相互作用モデルを提案し，MEGADOCK に追加した．MEGADOCK などの FFT を用いて計算されるグリッドベースのドッキング予測では，通常 3 つの効果を計算するために 2 回以上の相関関数計算を要するが，提案手法ではレセプターのみを考慮する新しい簡易型スコア関数によって，3 つの効果を 1 回の FFT 計算で同時に計算することが可能となり，高速性を損なわずに精度を向上させることに成功した．

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