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論文・著書情報


タイトル
和文:標的タンパク質の立体構造を用いたリガンド候補化合物の上限サイズの推定による化合物フィルタリング 
英文:Compound filtering by estimation of the candidate compound's upper limit size using target protein structure 
著者
和文: 柳澤渓甫, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰.  
英文: Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama.  
言語 Japanese 
掲載誌/書名
和文:研究報告バイオ情報学（BIO） 
英文:IPSJ SIG Technical Report 
巻, 号, ページ 2017-BIO-49    6    1-7
出版年月 2017年3月16日 
出版者
和文: 
英文: 
会議名称
和文:情報処理学会 第49回バイオ情報学研究会 
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開催地
和文: 
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公式リンク https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=178567&item_no=1&page_id=13&block_id=8
 
アブストラクト 化合物群から薬剤候補化合物を選別するための計算手法としてタンパク質 - 化合物ドッキングがよく用いられるがこの手法は計算量が大きいため，一般に膨大な化合物ライブラリから対象とならない化合物群をあらかじめ削減する前処理が必要である．化合物群の削減には Lipinski の法則などの物理化学的な特徴量の閾値の適用や，機械学習などの手法が用いられてきたが，これらはドッキング計算と組み合わせることが考慮された手法ではなかった．そこで本研究では，ドッキング計算と組み合わせることを前提としたフィルタリングについて，(1) タンパク質のポケットサイズの推定手法を利用した化合物体積の上限の推定，(2) 少量のサンプル化合物を試験的にドッキング計算することによる化合物体積の上限の推定，の 2 つの手法を提案した．2 つの手法のうち，後者のサンプル化合物のドッキング計算を用いて閾値を決定する手法ではドッキング可能な化合物の取りこぼしを 0.5% 未満に抑えつつ約 15% の化合物を評価対象から削減することができた．

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