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論文・著書情報


タイトル
和文:タンパク質間相互作用予測統合データベースMEGADOCK-WEBの改良とクラウド計算環境との連携 
英文:Improvement of MEGADOCK-WEB integrated database for predicted protein-protein interactions, and its coordination with cloud environment for on-demand dockings 
著者
和文: 林孝紀, 山本悠生, 松崎由理, 大上雅史, 秋山泰.  
英文: Takanori Hayashi, Yuki Yamamoto, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama.  
言語 Japanese 
掲載誌/書名
和文:研究報告バイオ情報学（BIO） 
英文:IPSJ SIG Technical Report 
巻, 号, ページ 2017-BIO-50    39    1-8
出版年月 2017年6月16日 
出版者
和文:情報処理学会 
英文: 
会議名称
和文:情報処理学会 第50回バイオ情報学研究会 
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開催地
和文: 
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公式リンク https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=182439&item_no=1&page_id=13&block_id=8
 
アブストラクト 我々は，タンパク質間相互作用 (Protein - Protein Interaction, PPI) の網羅的な理解に向けて，高速に PPI 予測計算を行うソフトウェアである MEGADOCK，および MEGADOCK による PPI 予測結果をより利活用しやすい形で提供するための PPI 予測統合データベース MEGADOCK - WEB を開発してきた．本研究では，アプリケーションと既存データベースとの通信回数を削減することで，MEGADOCK - WEB におけるデータ規模の大きさに起因する応答速度の遅さの問題について解決し，約 3600 万ペアに対する PPI 予測計算結果の閲覧を可能にした．さらに，未知のタンパク質構造に対するバックエンドでの PPI 予測計算を可能にするために，計算資源を動的に確保することが可能であるクラウド環境と連携した．クラウド計算環境を利用するための API を新規に開発し，それらの API を介してクラウドの仮想マシンと連携した．これにより，ユーザーがアップロードした任意のタンパク質の構造に対してオンデマンドに PPI 予測結果を提供することを可能にした．

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