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論文・著書情報


タイトル
和文:フラグメント伸長型化合物ドッキング計算のための重み付きオフラインキャッシュ問題の厳密解アルゴリズム 
英文:An exact algorithm for the weighted offline cache problem in protein-ligand docking based on fragment extension 
著者
和文: 柳澤渓甫, 小峰駿汰, 久保田陸人, 大上雅史, 秋山泰.  
英文: Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Yuma Kubota, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama.  
言語 Japanese 
掲載誌/書名
和文:研究報告バイオ情報学（BIO） 
英文:IPSJ SIG Technical Report 
巻, 号, ページ 2017-BIO-50    38    1-8
出版年月 2017年6月16日 
出版者
和文:情報処理学会 
英文: 
会議名称
和文:情報処理学会 第50回バイオ情報学研究会 
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開催地
和文: 
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公式リンク https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=182438&item_no=1&page_id=13&block_id=8
 
アブストラクト バーチャルスクリーニングにおける大規模なタンパク質 - 化合物ドッキング計算の高速化のために，化合物の部分構造であるフラグメントのドッキング計算結果を保存し，他の化合物の評価時に計算結果を再利用する方法が提案されている．しかし，従来提案されてきた手法はディスクアクセスを大量に発生させ，高速化率が十分ではなかった．さらなる高速化のためには，メモリ上に計算結果を保持してディスクアクセスを減らすことが考えらえるが，メモリ容量には上限があるため効率的な計算結果の保持を実現することが重要になる．本研究では，最適な計算結果の保持順番の導出を重み付きオフラインキャッシュ問題として定式化し，これを最小費用流問題に帰着させ，さらにこの帰着させたグラフの特徴を利用した高速な厳密解アルゴリズムを提案した．従来提案されていた非巡回有向グラフに対する最小費用流問題の厳密解アルゴリズムに比べて約 7 倍の高速化を達成した．

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