共通な部分構造の再利用アルゴリズムを用いたタンパク質リガンドドッキング手法の開発

久保田陸人; 柳澤渓甫; 大上雅史; 秋山泰

論文・著書情報

タイトル

和文:	共通な部分構造の再利用アルゴリズムを用いたタンパク質リガンドドッキング手法の開発
英文:

著者

和文:	久保田陸人, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰.
英文:	Yuma Kubota, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama.

言語

Japanese

掲載誌/書名

和文:	研究報告バイオ情報学（BIO）
英文:	IPSJ SIG Technical Report

巻, 号, ページ

2018-BIO-54(42) 1-8

出版年月

2018年6月15日

出版者

和文:	情報処理学会
英文:

会議名称

和文:	情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）
英文:

開催地

和文:	沖縄
英文:

アブストラクト

創薬研究では数百万～数億件というきわめて多数の化合物群を扱う必要があり，ドッキング計算の高速化が求められている．本報告では，化合物の多くが共通な部分構造を持つことに着目し，それらの計算結果を再利用することにより高速なドッキングツールを開発した．ヒューリスティックによる化合物の評価順序の変更や，オフラインキャッシュ問題を高速に解くことによるメモリ戦略の最適化により計算結果の再利用効率を改善し，改善前に比べ精度を落とすことなく約 1.8 倍の高速化を実現した．

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