マルチドメインタンパク質の相互作用残基ペア予測を用いた立体構造予測手法の改良

松野駿平; 大上雅史; 秋山泰.

論文・著書情報

タイトル

和文:	マルチドメインタンパク質の相互作用残基ペア予測を用いた立体構造予測手法の改良
英文:	Improvement of three-dimensional structure prediction method using interaction residue pair for multidomain proteins

著者

和文:	松野駿平, 大上雅史, 秋山泰..
英文:	Shumpei Matsuno, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama.

言語

Japanese

掲載誌/書名

和文:	研究報告バイオ情報学（BIO）
英文:

巻, 号, ページ

Vol. 2019-BIO-58 No. 53 pp. 1-7

出版年月

2019年6月10日

出版者

和文:	情報処理学会
英文:

会議名称

和文:	情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）
英文:

開催地

和文:	沖縄県
英文:

公式リンク

https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=197652&item_no=1&page_id=13&block_id=8

アブストラクト

タンパク質はその立体構造を知ることで機能を解明することができる．しかし，マルチドメインタンパク質は構造が不安定なものが多いため，全長での構造決定が困難であることが多いまた，マルチドメインタンパク質はドメインごとに分解され構造を同定されることが多く，各ドメインの構造は公共データベースに多く収録されている．そこで，近年の計算機の性能の向上に伴い，計算機を用いたマルチドメインタンパク質の構造予測手法が注目されている．既存手法では，立体構造予測を行う際にテンプレートとなるタンパク質を用いているが，テンプレートとなるタンパク質が存在しない場合，予測の精度が落ちてしまう．本研究はマルチドメインタンパク質の立体構造を，テンプレートを必要とせずに予測することを目的とする．そこで，ドメイン毎の構造から剛体ドッキングを行うことで予測構造を生成し，より正解構造に近い構造を上位にリランキングする手法を改良した．提案手法では，テンプレートとなるマルチドメインタンパク質の構造を必要とせずに得られる相互作用に関するスコアと，ドッキング計算時に得られる立体構造に関するスコアを新たにスコア関数に組み込むことで，55個のマルチドメインタンパク質のうち，50個のタンパク質の構造を予測するこに成功した（「成功」の定義は4.3.2節で説明）．

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