共通な部分構造の再利用による高速なタンパク質リガンドドッキング手法の開発

久保田陸人; 柳澤渓甫; 吉川寧; 大上雅史; 秋山泰

論文・著書情報

タイトル

和文:	共通な部分構造の再利用による高速なタンパク質リガンドドッキング手法の開発
英文:	Development of an efficient protein-ligand docking method by reuse of fragments

著者

和文:	久保田陸人, 柳澤渓甫, 吉川寧, 大上雅史, 秋山泰.
英文:	Yuma Kubota, Keisuke Yanagisawa, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama.

言語

Japanese

掲載誌/書名

和文:	情報処理学会研究報告
英文:

巻, 号, ページ

Vol. 2020-BIO-61 No. 4 pp. 1-8

出版年月

2020年3月5日

出版者

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会議名称

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開催地

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公式リンク

http://id.nii.ac.jp/1001/00203777/

アブストラクト

創薬研究では数百万～数億件というきわめて多数の化合物群を扱う必要があり，ドッキングシミュレーションの高速化が求められている．本報告では，化合物の多くが共通な部分構造を持つことに着目し，部分構造に対する計算結果を再利用することにより 1 つの標的タンパク質に対して大量の化合物を高速に評価することに特化したドッキングツールを開発した．部分構造の計算結果から化合物全体のスコアを効率的に近似計算する手法を提案し，DUD-E Diverse Subset を用いた実験において，よく用いられているドッキングツールの一つである AutoDock Vina に比べ同等に近い精度を保った上で約 8.4 倍の高速化を確認した．

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