タンパク質表面との結合親和性を考慮した長距離フラグメントリンキング手法の開発

津嶋佑旗; 柳澤渓甫; 大上雅史; 秋山泰.

論文・著書情報

タイトル

和文:	タンパク質表面との結合親和性を考慮した長距離フラグメントリンキング手法の開発
英文:

著者

和文:	津嶋佑旗, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰..
英文:	Yuki Tsushima, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama.

言語

Japanese

掲載誌/書名

和文:	研究報告バイオ情報学（BIO）
英文:

巻, 号, ページ

2021-BIO-67 1 Page 1-8

出版年月

2021年9月23日

出版者

和文:	情報処理学会
英文:

会議名称

和文:	第67回BIO研究発表会
英文:

開催地

和文:
英文:

公式リンク

https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=213152&item_no=1&page_id=13&block_id=8

アブストラクト

近年，フラグメントと呼ばれる分子量が小さい分子をもとにリード化合物を設計する Fragment-Based Drug Design (FBDD) の方法論が注目されている．なかでも，離れたポケットを占めるフラグメント同士を結合させる Fragment Linking は，複数の結合部位を有効に活用できる利点があるものの，他の FBDD 手法と比べて難しいことが指摘されている．また，距離のあるリンキングへ対応できる汎用的な手法は知られていない．本研究では，長距離のリンキングを可能にするため，リンカーの部品となるリンカー要素を集めたライブラリを予め作成し，その中から複数のリンカー要素を逐次接続し，立体的な配置を探索するフラグメントリンキング手法を提案する．また，リンカー選択に用いる評価関数として，標的とのドッキングスコアを組み込んだ複数の関数を比較検討を行った．その結果，例題として用いたタンパク質チロシンホスファターゼ 1B を標的とした阻害剤設計実験では最大 10.4 Å 離れたフラグメント間のリンキングに成功した．また，リンカー要素の選択に用いる評価関数を 6 種類設計し，それらの効果を検証した．

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