標的RNAの高次構造予測に基づく低活性ASO候補配列の推測

渡辺銀河; 柳澤渓甫; 秋山 泰

論文・著書情報

タイトル

和文:	標的RNAの高次構造予測に基づく低活性ASO候補配列の推測
英文:

著者

和文:	渡辺銀河, 柳澤渓甫, 秋山泰.
英文:	Ginga Watanabe, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama.

言語

Japanese

掲載誌/書名

和文:	研究報告バイオ情報学（BIO）
英文:

巻, 号, ページ

2022-BIO-74 36 1-8

出版年月

2023年6月29日

出版者

和文:	情報処理学会
英文:

会議名称

和文:	情報処理学会第143回MPS・第74回BIO合同研究発表会
英文:

開催地

和文:	沖縄県
英文:

アブストラクト

アンチセンス核酸(ASO) 創薬では、ASO 候補配列の中から薬効や副作用などの面で不適な配列を早期に除外し、薬剤設計精度を高めることが求められている。このために検討すべき要素の一つに標的RNA 配列の高次構造の取りやすさが挙げられる。高次構造をとり安定性が高い部分配列はASO が到達、結合しづらいため、低活性になる可能性がある。本研究では標的RNA配列の高次構造の取りやすさについて、特に従来のツールでは扱われなかったシュードノット構造を考慮した予測を行った。適切な閾値を設定することで、今回実施したベンチマークにおいては少数ながらASO 設計に不適な候補配列を正確に除外することができた。

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