論文

• Yuki Ohmuro-Matsuyama, Hayato Matsui, Masaki Kanai, Tadaomi Furuta. Glow-type conversion and characterization of a minimal luciferase via mutational analyses, FEBS J., vol. 290, no. 23, pp. 5554-5565, Aug. 2023.
• Yuki Ohmuro-Matsuyama, Hayato Matsui, Masaki Kanai, Tadaomi Furuta. Improving bioluminescence of a minimal luciferase by adding a charged oligopeptide: picALuc2.0, Biotechnol. J., vol. 18, no. 6, pp. e2200560, Mar. 2023.
• Sung Bae Kim, Tadaomi Furuta, Yuki Ohmuro-Matsuyama, Nobuo Kitada, Ryo Nishihara, Shojiro A. Maki. Bioluminescent imaging systems boosting near-infrared signals in mammalian cells, Photochem. Photobiol. Sci., Feb. 2023.
• Yuki Ohmuro-Matsuyama, Tadaomi Furuta, Hayato Matsui, Masaki Kanai, Hiroshi Ueda. Miniaturization of bright light-emitting luciferase ALuc: picALuc, ACS Chem. Biol., vol. 17, no. 4, pp. 864-872, Mar. 2022.
• Yuki Ohmuro-Matsuyama, Keiko Gomi, Takuya Shimoda, Hideki Yamaji, Hiroshi Ueda. Improving the stability of protein–protein interaction assay FlimPIA using a thermostabilized firefly luciferase, Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Frontiers Media, Vol. 9, p. 778120, Nov. 2021.
• Riho Takahashi, Takanobu Yasuda, Yuki Ohmuro-Matsuyama, Hiroshi Ueda. BRET Q‐Body: A Ratiometric Quench-based Bioluminescent Immunosensor Made of Luciferase−Dye−Antibody Fusion with Enhanced Response, Analytical Chemistry, Vol. 93, no. 21, p. 7571-7578, May 2021.
• Yuki Ohmuro-Matsuyama, Tetsuya Kitaguchi, Hiroshi Kimura, Hiroshi Ueda. Simple Fluorogenic Cellular Assay for Histone Deacetylase Inhibitors Based on Split-Yellow Fluorescent Protein and Intrabodies, ACS Omega, American Chemical Society, vol. 6, Issue 15, p. 10039-10046, Apr. 2021.
• Akihito Inoue, Yuki Ohmuro-Matsuyama, Tetsuya Kitaguchi, Hiroshi Ueda. Creation of a Nanobody-Based Fluorescent Immunosensor Mini Q‐body for Rapid Signal-On Detection of Small Hapten Methotrexate, ACS Sensors, vol. 5, no. 11, p. 3457–3464, Nov. 2020.  公式リンク  
  
• Yoshitaka HARADA, Yuki OHMURO-MATSUYAMA, Mika TSUNA, Hiroshi UEDA. An Open Sandwich Immunochromatography for Non-competitive Detection of Small Antigens, Analytical Sciences, Japan Society for Analytical Chemistry, Vol. 37, No. 3, p. 455-459, Nov. 2020.
• Jinhua Dong, Yuya Oka, Hee-Jin Jeong, Yuki Ohmuro-Matsuyama, Hiroshi Ueda. Detection and destruction of HER2-positive cancer cells by Ultra Quenchbody-siRNA complex, Biotechnology and Bioengineering, Vol. 117, No. 5, p. 1259-1269, Feb. 2020.
• Kanai, Y., Ohmuro-Matsuyama, Y., Tanioku, M., Ushiba, S., Ono, T., Inoue, K., Kitaguchi, T., Kimura, M., Ueda, H., Matsumoto, K.. Graphene Field Effect Transistor-Based Immunosensor for Ultrasensitive Noncompetitive Detection of Small Antigens, ACS Sensors, Vol. 5, No. 1, p. 24-28, Jan. 2020.
• Jiulong Su, Tetsuya Kitaguchi, Yuki Ohmuro-Matsuyama, Theresa Seah, Farid J. Ghadessy, Shawn Hoon, Hiroshi Ueda. Transmembrane signaling on a protocell: Creation of receptor-enzyme chimeras for immunodetection of specific antibodies and antigens, Scientific Reports, Springer-Nature, vol. 9, p. 18189, Dec. 2019.
• Chan-I Chung, Yuko Sato, Yuki Ohmuro-Matsuyama, Shinichi Machida, Hitoshi Kurumizaka, Hiroshi Kimura, Hiroshi Ueda. Intrabody-based FRET probe to visualize endogenous histone acetylation, Scientific Reports, Springer-Nature, Vol. 9, No. 1, pp. 10188, July 2019.  公式リンク  
  
• Jiulong Su, Cyrus Beh, Yuki Ohmuro-Matsuyama, Tetsuya Kitaguchi, Shawn Hoon, Hiroshi Ueda. Creation of stable and strictly regulated enzyme switch for signal-on immunodetection of various small antigens, Journal of Bioscience and Bioengineering, June 2019.
• Renee Dale, Yuki Ohmuro-Matsuyama, Hiroshi Ueda, Naohiro Kato. Non-steady state analysis of enzyme kinetics in real time elucidates substrate association and dissociation rates: demonstration with analysis of firefly luciferase mutants, BIOCHEMISTRY-US, vol. 58, no. 23, p. 2695-2702, May 2019.  公式リンク  
  
• Yuki Ohmuro-Matsuyama, Hiroshi Ueda. Protein-Protein Interaction Assays Using Split-NanoLuc, Bioluminescence - Analytical Applications and Basic Biology, IntechOpen, Apr. 2019.
• Yuki Omuro. Effects of lithium on the secretory production of recombinant antibody from insect cells., In Vitro Cellular & Developmental Biology – Animal, Nov. 2018.
• Yuki Ohmuro-Matsuyama, Takahiro Yamashita, Keiko Gomi, Hideki Yamaji, Hiroshi Ueda. Evaluation of protein-ligand interactions using the luminescent interaction assay FlimPIA with streptavidin-biotin linkage, Analytcal Biochemistry, vol. 563, p. 61-66, Oct. 2018.  公式リンク  
  
• Yuki Omuro. Modifications of a signal sequence for antibody secretion from insect cells., Cytotechnology, June 2018.
• Jiulong Su, Jinhua Dong, Tetsuya Kitaguchi, Yuki Omuro, Hiroshi Ueda. Noncompetitive homogeneous immunodetection of small molecules based on beta-glucuronidase complementation, Analyst, vol. 143, p. 2096-2101, Apr. 2018.
• Yuki Omuro, H. Ueda. Homogeneous noncompetitive luminescent immunodetection of small molecules by ternary protein fragment complementation, Analytical Chemistry, vol. 90, no. 5, p. 3001-4, Feb. 2018.  公式リンク  
  
• Hee-Jin Jeong, Takuya Kawamura, Manami Iida, Yumi Kawahigashi, Mutsumi Takigawa, Yuki Ohmuro-Matsuyama, Chan-I Chung, Jinhua Dong, Masuo Kondoh, Hiroshi Ueda. Development of a Quenchbody for the detection and imaging of the cancer-related tight-junction-associated membrane protein claudin, Analytical Chemistry, American Chemical Society, Volume 89, Issue 20, Pages 10783-10789, Oct. 2017.
• Yuki Omuro, Takahiro Yamashita, Lin Huan, Hideki Yamaji, Hiroshi Ueda. Improved sensitivity of firefly luminescent intermediate-based protein interaction assay using Ser 440 mutant with lower adenylation activity, Luminescence, Wiley, Vol. 33, p. 125-130, July 2017.
• Yuki Omuro. Efficient production of antibody Fab fragment by transient gene expression in insect cells., Apr. 2017.
• Y. Ohmuro, H. Ueda. Ultrasensitive Firefly luminescent intermediate-based Protein-protein Interaction Assay (FlimPIA) based on the functional complementation of mutant firefly luciferases, Methods in Molecular Biology, Springer New York, Vol. 1596, p. 119-130, Mar. 2017.  公式リンク  
  
• Chan-I Chung, Ryoji Makino, Yuki Ohmuro, Hiroshi Ueda. Development of a fluorescent protein-antibody FRET probe for the detection and imaging of osteocalcin, J. BIOSCI. BIOENG., vol. 123, no. 2, p. 272-276, Sept. 2016.
• Y. Ohmuro, H. Ueda. A protein-protein interaction assay FlimPIA based on the functional complementation of mutant firefly luciferases, Methods Mol. Biol., Vol. 1461, p. 131-142, Aug. 2016.
• Renee Dale, Yuki Ohmuro-Matsuyama, Hiroshi Ueda, Naohiro Kato. Mathematical model of the firefly luciferase complementation assay reveals a non-linear relationship between the detected luminescence and the affinity of the protein pair being analyzed, PLOS ONE, vol. 11, Feb. 2016.  公式リンク  
  
• Yuki Omuro, Mori, K., Hamada, H., Hiroshi Ueda, Yamaji, H.. Electrostatic engineering of the interface between heavy and light chains promotes antibody Fab fragment production., CYTOTECHNOLOGY, Feb. 2016.
• Hiroshi Ueda, Yuko Hara, Yuki Ohmuro. Improved protein-protein interaction assay FlimPIA by the entrapment of luciferase conformation, Anal. Chem., Vol. 86, p. 2013-2018, Dec. 2013.  公式リンク  
  

著書

• Yuki Omuro. A novel protein-protein interaction assay based on the functional complementation of mutant firefly luciferases: Split structure versus divided reaction., Protein-protein Interaction Assays (InTechOpen), 2018.
• Yuki Omuro. Ultrasensitive Firefly Luminescent Intermediate-Based Protein-Protein Interaction Assay (FlimPIA) Based on the Functional Complementation of Mutant Firefly Luciferases., Methods Mol. Biol., Mar. 2017.

国際会議発表 (査読有り)

• 上田宏, 大室有紀. Functional complementation of luciferase half-reactions: application to a robust protein-protein interaction assay FlimPIA, 18th International Symposium on Bioluminescence and Chemiluminescence, Luminescence, Wiley, Vol. 29, No. Suppl. 1, p. 50, June 2014.  公式リンク  
  

国内会議発表 (査読有り)

• 大室有紀. 小胞体シグナル配列の改変が昆虫細胞による抗体分泌生産に及ぼす影響, 第15会日本蛋白質科学会年会, June 2016.
• 大室有紀. ヒカリコメツキムシ由来発光酵素Emerald lucを用いた蛋白質間相互作用検出系FlimPIAの構築, 第15会日本蛋白質科学会年会, 2016.
• 上田宏, 五味恵子, 山地秀樹, 大室有紀. ヘイケボタル酵素を用いた蛋白質間相互作用検出系FlimPIAの構築, 生物発光化学発光研究会, Oct. 2015.
• 大室有紀, 五味恵子, 山地秀樹, 上田宏. 蛋白質間相互作用検出系FlimPIAにおけるプローブの熱安定性向上, 酵素工学研究会, Oct. 2015.
• 大室 有紀, 森 慶太, 濱田 宏嗣, 山地 秀樹. 小胞体シグナル配列の改変が昆虫細胞による抗体分泌生産に及ぼす影響, 日本生物工学会, Oct. 2015.

国際会議発表 (査読なし・不明)

• Tadaomi Furuta, Yuki Ohmuro-Matsuyama. Towards further enhancement of the activity of the minimal luciferase picALuc, 21st International Union for Pure and Applied Biophysics Congress (IUPAB2024), June 2024.
• Yuki Ohmuro-Matsuyama, Genta Kamiya, Kento Motoyama, Mitsuru Hattori, Ryogo Takai, Nobuo Kitada, Takeharu Nagai, Shojiro Maki, Hayato Matsui, Tadaomi Furuta. Towards longer luminescence lifetime of the minimal luciferase picALuc, 21st International Union for Pure and Applied Biophysics Congress (IUPAB2024), June 2024.
• Akihito Inoue, Yuki Ohmuro, Tetsuya Kitaguchi, Hiroshi Ueda. Construction of mini Q-body using the nanobody to detect chemotherapy agent., Nonobodies (Hybrid 2nd edition), Sept. 2021.
• Akihito Inoue, Yuki Ohmuro, Tetsuya Kitaguchi, Hiroshi Ueda. Construction of mini Q-body using the nanobody to detect chemotherapy agent., 31st Anniversary World Congress on Biosensors, July 2021.
• Yuki Ohmuro, Tadaomi Furuta, Hayato Matsui, Masaki Kanai, Hiroshi Ueda. Development of the smallest luciferase “picALuc” among bright-light emitting luciferases, 2021 online symposium of the 21st ISBC & XIX ISLS, June 2021.
• Cyrus Beh, Theresa Seah, Jiulong Su, Yuki Ohmuro-Matsuyama, Tetsuya Kitaguchi, Hiroshi Ueda, Shawn Hoon.. Facile method for creating arrays of lipid-capped elastomer microwells for bioinspired protocellular sensors., µTAS 2019, Oct. 2019.
• Jiulong Su, Cyrus Beh, Tetsuya Kitaguchi, Yuki Ohmuro, Theresa Seah, Shawn Hoon, Hiroshi Ueda.. Creation of a novel sensor enzyme and its integration into protocell for digital detection of various anti-epitope tag antibodies., 18th Asian Pacific Confederation of Chemical Engineering Congress (APCChE 2019), Sept. 2019.
• Hiroshi Ueda, Yuki Ohmuro. Homogeneous noncompetitive immunological detection of small molecules by ternary luciferase fragment complementation (OS-BLIA), 20th International Symposium on Bioluminescence and Chemiluminescence, May 2018.

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 大室有紀, 松井勇人, 叶井正樹, 古田忠臣. 荷電ペプチドを付加して最小ルシフェラーゼの活性を高める: picALuc2.0, 第61回生物物理学会年会, Nov. 2023.
• 大室有紀, 松井勇人, 叶井正樹, 古田忠臣. Glow発光する最小サイズ発光酵素picALuc変異体の作製, 第61回生物物理学会年会, Nov. 2023.
• 大室有紀, 北口哲也, 上田宏, 木村宏. YFP断片とintrabodyを利用した生細胞内におけるエピジェネティクス変化の観察法構築, 第45回日本分子生物学会年会, 第16回日本エピジェネティクス研究会年会 要旨集, June 2023.
• 大室有紀, 松井勇人, 叶井正樹, 古田忠臣. 世界最小発光酵素「picALuc」の創出とその後, 第45回日本分子生物学会年会, Dec. 2022.
• 大室（松山）有紀, 古田忠臣, 松井勇人, 叶井正樹, 上田宏. 最小サイズの発光酵素「picALuc」の開発とその応用, 創立100周年記念第74回日本生物工学会大会, Oct. 2022.
• 大室有紀, 金誠培, 松井勇人, 叶井正樹, 古田忠臣. 最小の発光酵素「picALuc」の開発とその応用, 第60回生物物理学会年会, Sept. 2022.
• 大室有紀, 松井勇人, 叶井正樹, 古田忠臣. 新規小型発光酵素picALucのアプリケーション開発, 第22回日本蛋白質科学会年会, June 2022.
• 大室有紀, 古田忠臣, 松井勇人, 叶井正樹, 上田宏. 発光酵素の特性を利用したタンパク質間相互作用検出系、及び新規小型発光酵素の開発, 日本顕微鏡学会第78回学術講演会, May 2022.
• 大室有紀, 古田忠臣, 松井勇人, 叶井正樹, 上田宏. 明るい小型発光酵素 "picALuc", 生物発光化学発光研究会第36回学術講演会, Nov. 2021.
• 上田宏, 有坂亮汰, 朴俊泰, 董金華, 柴田貴広, 大室有紀, 北口哲也, 内田浩二. ゲノム編集法による酸化脂質類の非競合的免疫測定系の構築, 第74回日本酸化ストレス学会・第21回日本NO学会 合同学術集会, 第74回日本酸化ストレス学会・第21回日本NO学会 合同学術集会要旨集, May 2021.
• 大室有紀, 北口哲也, 木村宏, 上田宏. YFP断片融合抗体プローブを用いたヒストン翻訳後修飾検出系の構築, 第 71回日本生物工学会大会, 第 71回日本生物工学会大会要旨集, Sept. 2019.
• 上田宏, 安田貴信, 上野慶行, 井上暁人, 髙橋昌樹, 大室有紀, 北口哲也, 董金華. Beyond Q-body: 色素修飾が不要な新規免疫測定素子の構築, 第 71回日本生物工学会大会, 第 71回日本生物工学会大会要旨集, Sept. 2019.
• 上野慶行, 安田貴信, 大室有紀, 北口哲也, 上田宏. N末にNanoluc由来タグを持つ抗体断片は抗原依存的にNanolucの発光活性を増大させる, 第19回日本蛋白質科学会年会, 第19回日本蛋白質科学会年会要旨集, June 2019.
• 大室有紀, 北口哲也, 木村宏, 上田宏. 分割YFP融合Intrabodyを用いた生細胞内ヒストンアセチル化検出プローブの構築, 第19回日本蛋白質科学会年会, 第19回日本蛋白質科学会年会要旨集, June 2019.
• 井上暁人, 大室有紀, 北口哲也, 上田宏. ナノ抗体を用いた抗がん剤センサーmini Q-body の構築, 第19回日本蛋白質科学会年会, 第19回日本蛋白質科学会年会要旨集, June 2019.
• 上田宏, 大室有紀, 北口哲也. 均相系測定を可能にする抗原応答性標識抗体の創製, 日本分析化学会第67年会, Sept. 2018.
• 高橋 里帆, 大室 有紀, 上田 宏. 自ら光るクエンチ抗体BRET Q-bodyの発光特性, 第12回バイオ関連化学シンポジウム, 第12回バイオ関連化学シンポジウム講演要旨集, Sept. 2018.
• 高橋里帆, 大室有紀, 上田 宏. 発光酵素融合クエンチ抗体を用いた生物発光抗原検出系の構築, 第69回日本生物工学会大会, 第69回日本生物工学会大会講演要旨集, 3P-G053, Sept. 2017.
• 高橋里帆, 大室有紀, 上田 宏. 発光酵素融合クエンチ抗体を用いたBRET抗原検出系の構築, 第17回日本蛋白質科学会年会, 第17回日本蛋白質科学会年会要旨集, Vol. 17, p. 1P-139, May 2017.
• 大室 有紀, 上田 宏, 山地 秀樹. リチウム添加による昆虫細胞からの抗体分泌生産の向上, 化学工学会第82年会, 化学工学会第82年会要旨集, Feb. 2017.
• 田中 絵美理, 鍾 蝉伊, 大室 有紀, 董 金華, 上田 宏. 生物発光共鳴エネルギー移動を利用した蛋白質認識抗体プローブの開発, 化学工学会第82年会, 化学工学会第82年会要旨集, Feb. 2017.
• 三宅 千絢, 鄭 煕陳, 大室 有紀, 董 金華, 上田 宏. 天然抗体をQuenchbody化するための抗体結合蛍光プローブの開発, 化学工学会第82年会, 化学工学会第82年会要旨集, Feb. 2017.
• 田中絵美理, 鐘蝉伊, 大室有紀, 上田宏. 血清アルブミン検出のための生物発光抗体プローブの開発, 第89回日本生化学会大会, 第89回日本生化学会大会要旨集, Sept. 2016.
• 大室有紀, 五味恵子, 山地秀樹, 上田宏. 蛋白質間相互作用検出系FlimPIAの実用化を目指したプローブの熱安定性向上, BMB2015, BMB2015要旨集, Nov. 2015.

その他の論文・著書など

• 古田忠臣, 大室（松山）有紀. 最小サイズの発光酵素picALucの開発とその性能向上, 光アライアンス, vol. 35, no. 10, pp. 26-30, Oct. 2024.
• 大室（松山）有紀, 古田忠臣. 最小サイズの発光酵素picALucの開発と改良, 電気化学, vol. 92, no. 2, pp. 123-128, June 2024.
• Yuki Ohmuro-Matsuyama, Hiroshi Ueda. A Novel Protein-Protein Interaction Assay Based on the Functional Complementation of Mutant Firefly Luciferases: Split Structure Versus Divided Reaction, Protein-Protein Interaction Assays, IntechOpen, pp. 11-27, July 2018.  公式リンク  
  
• Yuki Omuro. たんぱく質 高感度検出, 日経産業新聞, Mar. 2018.
• 大室有紀. 生物発光・蛍光消光を利用した新規計測技術の開発, Apr. 2015.
• 大室有紀, 上田 宏. ホタル発光酵素の反応機構を利用したタンパク質間相互作用検出系の開発, バイオサイエンスとインダストリー, バイオインダストリー協会, vol. 72, no. 2, p. 113-116, Mar. 2014.  公式リンク  
  

特許など

• 上田宏, 北口哲也, 大室有紀, 安田貴信, 井上暁人. 複数の蛍光色素を結合させたペプチドを用いるホモジニアス免疫測定法. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学. 2020/06/03. 特願2021-524873. 2020/10/12. WO 2020/246495. 特許第7461661号. 2024/03/27 2024.
• 上田宏, 北口哲也, 大室有紀, 安田貴信, 井上暁人. 複数の蛍光色素を結合させたペプチドを用いるホモジニアス免疫測定法. 特許. 公開. 国立大学法人東京工業大学. 2020/06/03. PCT/JP2020/021899. 2020/10/12. WO 2020/246495. 2020.
• 上田宏, 北口哲也, 大室有紀, 上野慶行. レポータータンパク質断片を付加した組換え抗体を用いるホモジニアス免疫測定法. 特許. 公開. 国立大学法人東京工業大学. 2020/05/22. PCT/JP2020/020281. 2020/12/03. WO 2020/241486. 2020.
• 上田宏, SuJiulong, 北口哲也, 大室有紀. ホモジニアス免疫測定法に適した酵素変異体. 特許. 公開. 国立大学法人東京工業大学. 2020/01/23. PCT/JP2020/002264. 2020/08/13. WO 2020/162203. 2020.
• 上田宏, SuJiulong, 北口哲也, 大室有紀, Shawn Hoon, Cyrus Beh　. バイオセンサー. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学, シンガポール科学技術研究庁. 2018/11/02. 特願2018-207624. 2020/05/07. 特開2020-068746. 特許第7169582号. 2022/11/02 2022.
• 上田宏, 大室有紀, 三宅千絢, 塚原知也. 抗原検出又は測定用キット. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学. 2018/01/17. 特願2018-566814. 2019/12/12. 再表2018-147018. 特許第6983419号. 2021/11/26 2021.

研究ハイライト

• 上田宏, 大室 有紀, 和田 猛. ホタルが光る仕組みを利用した「たんぱく質の出会い」検出技術を開発. 2010～2013. JST先端計測分析技術・機器開発プログラムの一環として、東京工業大学 資源化学研究所の上田 宏　教授（前　東京大学 大学院工学系研究科　准教授）らの開発チームは、ホタル発光酵素の反応機構を利用して、た....
  

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