Journal Paper

• Keisuke Yanagisawa, Takuya Fujie, Kazuki Takabatake, Yutaka Akiyama. QUBO Problem Formulation of Fragment-Based Protein–Ligand Flexible Docking, Entropy, MDPI, 26, Apr. 2024.  Official location  

International Conference (Reviewed)

• Taisuke Boku, Masatake Sugita, Ryohei Kobayashi, Shinnosuke Furuya, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Improving Performance on Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations by Optimizing GPU Core Utilization, 53rd International Conference on Parallel Processing (ICPP2024), Proceedings of the 53rd International Conference on Parallel Processing (ICPP2024), Association for Computing Machinery, Page 1082-1091, Aug. 2024.  Official location  

International Conference (Not reviewed / Unknown)

• Masatake Sugita, Takuya Fujie, Yudai Noso, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Development and Application of a Protocol for Predicting Membrane Permeability of Cyclic Peptides Based on Molecular Dynamics Simulations, 21st IUPAB and 62nd BSJ joint congress 2024, American Chemical Society, June 2024.  Official location  

Domestic Conference (Not reviewed / Unknown)

• Masatake Sugita, Takuya Fujie, Yudai Noso, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. 拡張アンサンブル分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過性予測技術の開発と応用, 第24回日本蛋白質科学会年会, June 2024.

Other Publication

• Masayoshi Shimizu, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama. 有望なフラグメント空間配置対に基づく化合物プレスクリーニング手法の開発, 情報処理学会 第148回MPS・第78回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-78, 38, 1-8, June 2024.
• Kaho Akaki, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama. 共溶媒分子動力学法による化合物ドッキング向けのバイアス情報の取得, 情報処理学会 第148回MPS・第78回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-78, 37, 1-8, June 2024.
• Ayako Nunobe, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama. フラグメントに基づくバーチャルスクリーニングへの利用などを目指したフラグメント集合の選定, 情報処理学会 第77回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-77, 31, 1-7, Mar. 2024.
• Jianan Li, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama. CycPeptMP：マルチレベルの分子特徴とデータ拡張による環状ペプチドの膜透過性予測手法の開発, 第147回MPS・第77回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-77, 15, 1-8, Mar. 2024.

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