Journal Paper

• Wexing Hu, Masahito Ohue. SpatialPPI:three-dimensional space protein-protein interaction prediction with AlphaFold Multimer, Computational and Structural Biotechnology Journal, ELSEVIER, Volume 23, page 1214-1225, Dec. 2024.  Official location  
• Apakorn Kengkanna, Masahito Ohue. Enhancing property and activity prediction and interpretation using multiple molecular graph representations with MMGX, Communications Chemistry, Vol. 7, p. 1-14, Apr. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue, Kotoyu Sasayama, Masami Takata. Mathematical Modeling and Problem Solving: From Fundamentals to Applications, The Journal of Supercomputing, Volume 80, page 14116-14119, Mar. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue, Kairi Furui. FastLomap: Faster Lead Optimization Mapper Algorithm for Large- Scale Relative Free Energy Perturbation, The Journal of Supercomputing, Volume 80, page 14417-14432, Mar. 2024.  Official location  
• Takafumi Ueki, Masahito Ohue. Antibody Complementarity-Determining Region Design using AlphaFold2 and DDG Predictor, The Journal of Supercomputing, Volume 80, page 11989-12002, Feb. 2024.  Official location  

International Conference (Reviewed)

• Taisuke Boku, Masatake Sugita, Ryohei Kobayashi, Shinnosuke Furuya, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Improving Performance on Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations by Optimizing GPU Core Utilization, 53rd International Conference on Parallel Processing (ICPP2024), Proceedings of the 53rd International Conference on Parallel Processing (ICPP2024), Association for Computing Machinery, Page 1082-1091, Aug. 2024.  Official location  
• Takafumi Ueki, Masahito Ohue. Antibody Complementarity-Determining Region Sequence Design using AlphaFold2 and Binding Affinity Prediction Model, 29th International Conference on Parallel & Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA’23), In Proceedings of The 29th International Conference on Parallel & Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA’23), IEEE, page 2133-2139, Apr. 2024.  Official location  Official location  
• Koh Sakano, Kairi Furui, Masahito Ohue. Natural Product-like Compound Generation with Chemical Language Models, 30th International Conference on Parallel & Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA’24), In Proceedings of The 30th International Conference on Parallel & Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA’24), Springer Nature, 2024.

International Conference (Not reviewed / Unknown)

• Masatake Sugita, Takuya Fujie, Yudai Noso, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Development and Application of a Protocol for Predicting Membrane Permeability of Cyclic Peptides Based on Molecular Dynamics Simulations, 21st IUPAB and 62nd BSJ joint congress 2024, American Chemical Society, June 2024.  Official location  

Domestic Conference (Not reviewed / Unknown)

• Masahito Ohue. AIで創薬はラクになったのか?, Laboratory Automation Developers Conference 2024 (LADEC 2024), Sept. 2024.
• Masahito Ohue. AIとシミュレーション計算が駆動する分子設計, 情報処理学会第79回バイオ情報学研究会, Sept. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. PROTAC Linker Design Using Structural Information, MOE Forum 2024, Sept. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. アンテナを広げて～インターネット世代の研究とSNS, 生物物理夏の学校2024, Aug. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. AIとシミュレーション計算が駆動する分子設計, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-79, 7, 1-1, Aug. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. AIによるタンパク質構造予測と創薬支援計算, 第458回CBI学会講演会「創薬の多様化に対応するタ ンパク質構造観察技術の進化」, Aug. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. AIで広がる分子設計の可能性, 学術変革領域研究(A)潜在空間分子設計第１回領域シンポジウム, Aug. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. AIで広がる分子設計の可能性, 第12回 CBI若手の会講演会 ～若手の眼差しで迫る創薬研究の最先端 ～, Aug. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. AIによるペプチドデザイン, 第56回若手ペプチド夏の勉強会, Aug. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. AIで広がる分子設計の可能性, 第76回日本細胞生物学会大会, WS1 シンポジウム 「創る」が織りな す未来の細胞生物学者と若手研究者へのメッセージ, July 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. AIとシミュレーションが駆動する分子設計, 令和4～8年度 学術変革領域研究(A) 生体反応の集積・ 予知・創出を基盤としたシステム生物合成科学「予知生合成科学」 第4回公開シンポジウム, July 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. AlphaFoldで探る分子間相互作用, 日本プロテオーム学会2024年大会・第20回日本臨床プロテオゲ ノミクス学会合同大会, June 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. AlphaFoldによる標的結合型直鎖／環状ペプチドの計算設計, 第24回日本蛋白質科学会年会 WS3 ペ プチド設計の現在と未来, June 2024.  Official location  
• Masatake Sugita, Takuya Fujie, Yudai Noso, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. 拡張アンサンブル分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過性予測技術の開発と応用, 第24回日本蛋白質科学会年会, June 2024.
• Yuki Yasumitsu, Masahito Ohue. タンパク質立体構造予測モデルの転移学習によるバーチャルスクリーニング至適構造の生成, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-78, 17, 1-3, June 2024.  Official location  
• Keisuke Uchikawa, Kairi Furui, Masahito Ohue. 構造ベーススクリーニングに適したAlphaFoldタンパク質構造生成の最適化, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-78, 16, 1-7, June 2024.  Official location  
• Koshiro Aoki, Apakorn Kengkanna, Masahito Ohue. 対照学習を用いたグラフニューラルネットワークによる化合物 の特性予測の最適化, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-78, 15, 1-7, June 2024.  Official location  
• Koh Sakano, Kairi Furui, Masahito Ohue. 化学言語モデルに基づく天然物様化合物生成, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-78, 14, 1-8, June 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. Beyond Rule-of-Five空間のAI分子設計, 学術変革領域研究(A)天然物が織り成す化合物潜在空間が 拓く生物活性分子デザイン第2回公開シンポジウム, June 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. 創薬情報研究の最前線, 2024年第1回IPABセミナー, May 2024.  Official location  
• Koh Sakano, Kairi Furui, Masahito Ohue. 天然物様化合物を生成する化学言語モデルの開発, 情報処理学会第86回全国大会, Mar. 2024.  Official location  
• Koshiro Aoki, Masahito Ohue, Apakorn Kengkanna. 対照学習を用いたGNNによる化合物特性予測, 情報処理学会第 86回全国大会, Mar. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. Accelerating natural product chemical biology with deep learning technology platform, 日本農芸化学会2024年度大会, Mar. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. Beyond Rule-of-Five化合物空間を探る情報科学, 日本薬学会第144年会, Mar. 2024.  Official location  
• Keinoshin Togashi, Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue. AlphaFoldを用いたタンパク質-特殊環状ペプチド複合体予測, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-77, 14, 1-8, Feb. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. AIで広がる分子設計の可能性, 生命と情報の新たなる融和：超階層生物学とＡＩ・数理ワークショッ プ, Feb. 2024.  Official location  
• Riyota Ishizawa, Masahito Ohue. 複合体構造予測とフラグメントリンキングによるPROTAC設計手法の開発, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-77, 32, 1-8, Feb. 2024.  Official location  
• Masahito Ohue. beyond Rule-of-Five化合物の潜在空間学習と分子設計を支えるAI技術, 日本化学会第104春季年会 併催シンポジウム, 2024.

Other Publication

• Masahito Ohue. AlphaFold3で何ができる？, 現代化学 2024年7月号, 東京化学同人, No. 640, page 18, June 2024.  Official location  
• Kairi Furui, Masahito Ohue. Active learning for energy-based antibody optimization and enhanced screening, arXiv preprint, 2024.  Official location  
• Midori Arai, Yoshinori Makita, Shun Saito, Shiina Suzuki, Yuki Narushima, Nanoha Izawa, Yuki Tanaka, Kairi Furui, Masahito Ohue, Masami Ishibashi. The Indole Rocaglamide Induces S and G2/M Phase Cell Cycle Arrest in Small Cell Lung Cancer Cells Through ASCL1 Translation Inhibition, SSRN preprint, 2024.  Official location  

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