論文

• Masakazu Sekijima, Yutaka Akiyama. Free energy landscape analysis system based on parallel molecular dynamics simulation., IPSJ Transaction on Bioinformatics, 48, SIG17 (TBIO3), 30-39, Nov. 2007.
• Tsukamoto, K., Shimizu, H., Ishida, T., Akiyama, Y., Nukina, N.. Evaluation for Interaction Energy between Glutamine and various Chemical Compounds for Developing the Virtual Screening System using DFT Quantum Chemical Calculations, WSEAS Transactions on Computers, Vol. 6, No. 4, pp. 636-641, Apr. 2007.
• Nagano, N., Noguchi, T., Akiyama, Y.. Systematic Comparison of Catalytic Mechanisms of Hydrolysis and Transfer Reactions Classified in the EzCatDB Database, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, Vol. 66, No. 1, pp. 147-159, Jan. 2007.
• Koki Tsukamoto, Hideaki Shimizu, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Nobuyuki Nukina. Evaluation for interaction energy between glutamine and glutamine and various chemical compounds for developing the virtual screening system using quantum chemical calculations and molecular dynamics simulations, WSEAS Transactions on Computers, 6, 4, 636-641, 2007.
• Yuri Mukai, Takatsugu Hirokawa, Kentaro Tomii, Kiyoshi Asai, Yutaka Akiyama, Makiko Suwa. Identification of glycosyltransferases focusing on golgi transmembrane region., Trends in Glycoscience and Glycotechnology, 19, 105, 41-47, 2007.

国際会議発表 (査読有り)

• Akira Nukada, Yutaka Akiyama. High performance 3D convolution for protein docking on IBM Blue Gene, The Fifth International Symposium on Parallel and Distributed Processing and Applications (ISPA07), Proc. of the Fifth International Symposium on Parallel and Distributed Processing and Applications (ISPA07), 958-969, Aug. 2007.
• Daisuke Tominaga, Fukumi Iguchi, Yutaka Akiyama, Katsuhisa Horimoto. Development of automated image processing procedure for cell-arrays, The 11th World Multi-Conference on Systemics, Cybernetics and Informatics, Proc. of the 11th World Multi-Conference on Systemics, Cybernetics and Informatics, 4, 19-24, July 2007.
• Sekijima, M., Doi, J., Noguchi, T., Akiyama, Y., Shimizu, S.. Optimization and Evaluation of Parallel Molecular Dynamics Simulation on Blue Gene/L, Proc. the IASTED Int'l Conf. on Parallel and Distributed Computing and Networks (PDCN2007), Feb. 2007.
• Masakazu Sekijima, Jun Doi, Tamotsu Noguchi, Yutaka Akiyama, Shigenori Shimizu. Optimization and evaluation of parallel molecular dynamics simulation on blue gene/l, The IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computer and Networks (PDCN2007), Proc. of the IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computer and Networks (PDCN2007), 257-262, Feb. 2007.

国際会議発表 (査読なし・不明)

• Yutaka Akiyama. SimPyro: Pyrosequencing simulation software for analyzing random process with millions of reactions, The 2nd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis, Dec. 2007.
• K Tsukamoto, H Shimizu, T Ishida, Y Akiyama, N Nukina. Aggregation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations, The 2007 Annual Conf. of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2007), Dec. 2007.
• Masakazu Sekijima, Chie Motono, Yutaka Akiyama, Tamotsu Noguchi. Free energy landscape analysis of prion protein, Prion 2007, Sept. 2007.
• Yutaka Akiyama. Protein structure prediction and compound docking study on massively parallel computers, The 3rd International Conference of Molecular Simulations and Applied Informatics Technologies (ICMSI2007), Apr. 2007.
• Yutaka Akiyama, Koki Tsukamoto, Yuichiro Hourai, Tatsuya Yoshikawa. PPPDock: a parallelized protein-protein docking software toward a challenge to all-to-all protein docking study, Asia Hub for e-Drug Discovery Symposium 2007 (AHeDD2007), Apr. 2007.
• Masakazu Sekijima, Chie Motono, Yutaka Akiyama, Tamotsu Noguchi. Free energy landscape analysis of prion protein, 51th Biophysical Society Annual Meeting, Mar. 2007.

国内会議発表 (査読なし・不明)

• C Motono, T Hirokawa, Y Sato, K Fujiwara, N Misoo, N Sakaya, K Tomii, Y Akiyama. An exhaustive modeling and evaluation system in protein 3d structure prediction pipeline FORTE-SUITE, 45th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, Dec. 2007.
• 秋山 泰. バイオインフォマティクスの概要, 東京都健康安全研究センター技術懇話会, Oct. 2007.
• 秋山 泰. 大規模計算を用いた網羅的なタンパク質相互作用予測への試み, 第一回東工大生命情報学セミナー, Aug. 2007.
• 秋山 泰. バイオインフォマティクスとは何か？, 2007年生命科学夏の学校, Aug. 2007.
• 富永 大介, 油谷 幸代, 中川 康二, 孫 富艶, 堀本 勝久, 秋山 泰, 吉田 寛, 阿久津 達也. 細胞アレイによる時系列データの処理および解析砲の開発, 化学工学会バイオ部会シンポジウム「細胞チップの最前線」, July 2007.
• 関嶋 政和, 土井 淳, 本田 真也, 野口 保, 清水 茂則, 秋山 泰. 大規模分子動力学シミュレーションによる自由エネルギー地形解析システムの開発タンパク質間相互作用予測のためのドッキング後処理システムの開発, 第9回バイオ情報学研究会, 情報処理学会 研究報告, June 2007.
• 秋山 泰, 堀本 勝久, 富永 大介, 油谷 幸代, 中川 康二, 孫 富艶. 細胞アレイ計測に基づくアポトーシス関連ネットワーク解析, モデル細胞を用いた遺伝子機能等解析技術開発/細胞アレイ等による遺伝子機能の 解析技術開発ワークショップ「ターゲット遺伝子探索の新技術-遺伝子の森から創薬を見る-」, May 2007.
• 秋山 泰. システム生物学と創薬, 第21回日本薬物動態学会ワークショップ～医薬品開発を加速化・効率化するための ボトルネック解消～, Apr. 2007.
• 富永 大介, 井口 富久美, 堀本 勝久, 秋山 泰. 細胞アレイのための大規模画像処理システムの開発, 第8回バイオ情報学研究会, 情報処理学会 研究報告, 2007, 21, 57-62, Mar. 2007.
• 関嶋政和, 本田真也, 本野千恵, 秋山 泰, 野口 保. 大規模分子動力学シミュレーションによる生体分子の自由エネルギー地形解析, 平成18年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会予稿集, pp. Poster-24, Feb. 2007.
• 吉川達也, 塚本弘毅, 蓬来祐一郎, 藤原康広, 秋山 泰. PPPDock: Protein-Protein docking system using a high-performance FFT algorithm on BlueGene (BlueProtein),, 平成18年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会要旨集, pp. Poster-23, Feb. 2007.
• 本野千恵, 藤原康広, 佐藤美和, 酒谷尚文, 富井健太郎, 広川貴次, 秋山 泰. タンパク質立体構造予測における網羅的モデリング・構造評価システムの並列化, 平成18年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会予稿集, pp. Poster-12, Feb. 2007.
• 秋山 泰, 堀本勝久, 富永大介, 油谷幸代, 中川康二, 孫 富艶. トランスフェクション・マイクロアレイによる生細胞観察のための大規模全自動画像処理システムの開発, 平成18年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会予稿集, pp. Poster-07, Feb. 2007.

その他の論文・著書など

• 秋山泰. バイオインフォマティクス, テクノカレント, 452, Oct. 2007.
• 阿久津達也, 秋山 泰. バイオインフォマティクスと人工知能の相互作用, 人工知能学会誌, Vol. 22, No. 1, pp. 42-48, Jan. 2007.

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