論文

• Sarel J. Fleishman, Timothy A. Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E. Corn, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C. Mitchell, Omar N. A. Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H. Moal, Xiaofan Li, Paul A. Bates, Martin Zacharias, Hahnbeom Park, Jun-su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jerome Aze, Seren Soner, Sefik Kerem Oval., Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Turkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven, Brian G. Pierce, Zhiping Weng, Laura Perez-Cano, Carles Pons, Juan Fernandez-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong, Libin Cao, Xianjin Xu, Bin Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H. Robert, Mainak Guharoy, Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao, Nir London, Zohar Itzhaki, Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Patapov, Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M. Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M. Driggers, Robert G. Hall, Jessica L. Morgan, Victor L. Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L. Kastritis, Alexandre M. J. J. Bonvin, Weiyi Zhang, Carlos J. Camacho, Krishna P. Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J. Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis Fouches, Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodriguez, Daisuke Kihara, P. Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Shoshana J. Wodak, Joel Janin, David Baker. Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology, Journal of Molecular Biology, ScienceDirect, Volume 414, Issue 2, pp. 289-302, Nov. 2011.  公式リンク  
  
• W.A. Kusuma, T. Ishida, Y. Akiyama. A combined approach for de novo DNA assembly of very short reads, IPSJ Transaction on Bioinformatics, vol. 4, no. 10, pp. 21-33, Nov. 2011.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama. Docking-calculation-based Method for Predicting Protein-RNA Interactions, Genome Informatics, Volume 25, Issue 1, pp. 25-39, Aug. 2011.  公式リンク  
  

国際会議発表 (査読有り)

• Wisnu Ananta Kusuma, Yutaka Akiyama. Metagenome Fragment Binning Based on Characterization Vectors, 2011 International Conference on Bioinformatics and Biomedical Technology (ICBBT 2011), Mar. 2011.

国際会議発表 (査読なし・不明)

• Yutaka Akiyama. An Ultra-fast Computing Pipeline for Metagenome Analysis on Tsubame 2.0, GTC Asia 2011, Dec. 2011.
• Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Binding Conformation Prediction of a Protein Complex Using Physical Docking, GCOE Compview Final Symposium (Preliminary event of ISAAC 2011), Dec. 2011.
• Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK: a Fast Protein-protein Interaction Prediction System by Exhaustive Docking, 12th International Conference on Systems Biology (ICSB 2011), Sept. 2011.
• Shuji Suzuki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Improvement of a fast homology search tool on GPUs with suffix array, The 9th International Workshop on Advanced Genomics, July 2011.
• Wisnu Ananta Kusuma, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. De novo sequence assembly and metagenomic fragments binning, The 9th International Workshop on Advanced Genomics, July 2011.
• Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK: A fast protein-protein interaction prediction system by exhaustive docking, The 9th International Workshop on Advanced Genomics, July 2011.
• Yutaka Akiyama. Supercomputing experiences in bioinformatics, IIT Madras – Tokyo Tech joint Workshop on Bioinformatics and Large-scale data analysis, July 2011.
• Wakayama, Naomi, Toshimoto, Kouta, Hotta, Shun, Maeda, Kazuya, Kusama, Makiko, Imai, Satoki, Yutaka Akiyama, Sugiyama, Yuichi. Evaluation of a novel in silico prediction method of drug clearance pathways from simple physicochemical parameters, 4th Asia Pacific Meeting of the International-Society-for-the-Study-of -Xenobiotics (ISSX), DRUG METABOLISM REVIEWS, INFORMA HEALTHCARE, Vol. 43, pp. 38-39, May 2011.
• Yutaka Akiyama. Exhaustive Protein-Protein Interaction Network Prediction by MEGADOCK, IBC Inauguration Meeting in APBC2011, Jan. 2011.

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 秋山泰. 網羅的タンパク質間相互作用予測ソフトウェアMEGADOCKの開発と応用, 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発成果報告会, Dec. 2011.
• 秋山 泰, 松崎 由理, 内古閑 伸之, 石田 貴士, 大上 雅史. 網羅的タンパク質ドッキング解析プログラムMEGADOCKの開発と応用, 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発成果報告会 ISLiM成果報告会2011, Dec. 2011.
• 秋山泰. 機械学習を用いた薬物のクリアランス経路予測, CBI/JSBi 2011 合同大会 （CBI学会2011年大会、2011年日本バイオインフォマティクス学会年会）, Nov. 2011.
• 坂田幸佑, 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰. GPU を用いた配列相同性検索ツールの マルチGPU 向け最適化, 情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO), vol. 2011-BIO-26(2), pp. 1-7, Oct. 2011.
• 秋山泰. 次世代DNAシークエンサデータの超高速解析, 第3回HPCI戦略プログラム合同研究交流会, Oct. 2011.
• 松崎由理, 内古閑伸之, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰. MEGADOCK: 網羅的な立体構造のドッキングによるタンパク質間相互作用予測アプリケーション, バイオスーパーコンピューティング サマースクール2011バイオスーパーコンピューティング, Sept. 2011.
• 内古閑 伸之, 松崎 由理, 大上 雅史, 広川 貴次, 秋山 泰. 相互作用プロファイルを用いたタンパク質間ドッキングの代表相互作用の探索, 第49回日本生物物理学会年会, Sept. 2011.
• 池田和史, 前田和哉, 尾瀬 淳, 杉山雄一, 秋山 泰. 特徴選択とサポートベクターマシンを用いた薬物トランスポーター予測システムの構築, 情報処理学会 第73回全国大会, July 2011.
• 鈴木 脩司, 石田 貴士, 秋山 泰. マルチCPUコアとGPUを用いた高速な配列相同性検索, GTC Workshop Japan 2011, July 2011.
• 秋山泰. 「京」がひらく生命情報解析の扉, 次世代スーパーコンピュータ 京コンピュータ 市民セミナー, July 2011.
• 大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山 泰. ドッキング計算に基づく網羅的タンパク質-RNA間相互作用予測, 情報処理学会 第25回バイオ情報学研究会, 研究報告 バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, vol. 2011-BIO-25, 30, pp. 1-8, June 2011.  公式リンク  
  
• 稲吉一馬, 石田貴士, 前田和哉, 杉山雄一, 秋山 泰. 能動学習法を利用した薬物クリアランス経路予測の改良, 情報処理学会 第25回バイオ情報学研究会, vol. 2011-BIO-25, pp. 1-8, June 2011.
• 山本航平, 大上雅史, 内古閑伸之, 松崎由理, 石田貴士, 秋山 泰. タンパク質間相互作用予測における可視化手法の開発および予測精度の改善, 情報処理学会 第25回バイオ情報学研究会, 研究報告 バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, vol. 2011-BIO-25, 31, pp. 1-7, June 2011.  公式リンク  
  
• 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山 泰. GPUを用いた高速な配列相同性検索のsuffix arrayによる改良, 情報処理学会 第25回バイオ情報学研究会, vol. 2011-BIO-25, pp. 1-8, June 2011.
• 大上雅史, 松崎由理, 秋山 泰. 立体構造情報を用いたドッキング計算による大規模タンパク質-RNA間相互作用予測手法, 情報処理学会 第73回全国大会, Mar. 2011.
• 尾渡裕成, 関嶋政和, 秋山 泰. タンパク質-リガンド間の結合性解析の自動パイプライン化, 情報処理学会 第73回全国大会, Mar. 2011.
• Wisnu Ananta Kusuma, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. An Effective Approach for Assembling Very Short Reads from Next Genaration Sequencer, 情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO), vol. 2011-BIO-24, no. 4, pp. 1-7, Mar. 2011.
• 山本航平, 大上雅史, 松崎由理, 石田貴士, 秋山 泰. タンパク質ドッキング計算結果の可視化とその解析, 情報処理学会 第73回全国大会, Mar. 2011.
• 並木洋平, 石田貴士, 秋山 泰. 次世代シーケンサーから得られたDNA配列の高速クラスタリングに関する研究, 情報処理学会 第73回全国大会, Mar. 2011.
• 坂田幸佑, 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山 泰. GPU配列相同性検索ツールのマルチGPU向け最適化と長断片への対応, 情報処理学会 第73回全国大会, Mar. 2011.
• 松崎由理, 内古閑伸之, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰. MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のシグナル伝達系への応用, 第3回 バイオスーパーコンピューティングシンポジウム, Feb. 2011.

その他の論文・著書など

• 秋山 泰, 石田 貴士, 角田将典, 鈴木脩司. 次世代ＤＮＡシークエンサデータの超高速解析, BioSupercomputing Newsletter, Vol. 5, pp. 13, Nov. 2011.

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