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秋山泰 2016年 研究業績一覧 (26件 / 584件)
論文
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Kota Kasahara,
Benson Ma,
Kota Goto,
Bhaskar Dasgupta,
Junichi Higo,
Ikuo Fukuda,
Tadaaki Mashimo,
Yutaka Akiyama,
Haruki Nakamura.
myPresto/omegagene: a GPU-accelerated molecular dynamics simulator tailored for enhanced conformational sampling methods with a non-Ewald electrostatic scheme,
Biophysics and Physicobiology,
Vol. 13(2016),
p. 209-216,
Aug. 2016.
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Shuji Suzuki,
Masanori Kakuta,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
GPU-Acceleration of Sequence Homology Searches with Database Subsequence Clustering,
PLOS ONE,
Vol. 11,
No. 8,
e0157338,
Aug. 2016.
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青山 健人,
角田 将典,
松崎 由理,
石田 貴士,
秋山 泰.
スーパーコンピュータ「京」上でのエクソーム解析パイプラインの開発,
情報処理学会論文誌コンピューティングシステム(ACS),
Vol. 9,
No. 2,
p. 15-33,
July 2016.
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Nobuyuki Uchikoga,
Yuri Matsuzaki,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
Specificity of broad protein interaction surfaces for proteins with multiple binding partners,
Biophysics and Physicobiology,
THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN,
Vol. 13,
pp. 105-115,
July 2016.
公式リンク
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Atsushi Ose,
Kota Toshimoto,
Kazushi Ikeda,
Kazuya Maeda,
Shuya Yoshida,
Fumiyoshi Yamashita,
Mitsuru Hashida,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama,
Yuichi Sugiyama.
Development of a Support Vector Machine-Based System to Predict Whether a Compound Is a Substrate of a Given Drug Transporter Using Its Chemical Structure,
Journal of Pharmaceutical Sciences,
Vol. 105,
No. 77,
p. 2222-2230,
July 2016.
国際会議発表 (査読有り)
国際会議発表 (査読なし・不明)
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Masahito Ohue,
Yuri Matsuzaki,
Nobuyuki Uchikoga,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers,
Biophysical Society 60th Annual Meeting,
Feb. 2016.
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Nobuyuki Uchikoga,
Yuri Matsuzaki,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
Analysis of Physico-Chemical Properties of Protein Docking Decoys Generated by Rigid-Body Docking,
Biophysical Society 60th Annual Meeting,
Feb. 2016.
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Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
A rescoring method of protein-peptide docking prediction with amino acid profiles of rigid-body search results,
The Fourteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2016),
Jan. 2016.
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Yutaka Akiyama.
GHOST-MP: an ultra-fast and high-sensitive homology search tool for metagenome analysis,
ADAC Workshop,
Jan. 2016.
国内会議発表 (査読なし・不明)
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Keisuke Yanagisawa,
Shunta Komine,
Shogo Suzuki,
Masahito Ohue,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method with segmented compounds,
Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2016,
Oct. 2016.
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Kota Goto,
Kota Kasahara,
Masahito Ohue,
Haruki Nakamura,
Yutaka Akiyama.
Accelerating SHAKE Calculation of myPresto/omegagene Molecular Dynamics Simulation on CPU/GPU heterogeneous environment,
Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016),
Sept. 2016.
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Marina Yamasawa,
Tomoya Fujii,
Kota Goto,
Masahito Ohue,
Takashi Ishida,
Kazuyuki Ishihara,
Yutaka Akiyama.
GPU/MPI Parallelization of Metagenomic Sequence Homology Search Tool and Its Application to Oral Metagenomics,
Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016),
Sept. 2016.
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Masahito Ohue,
Yuki Yamamoto,
Hiroyuki Sato,
Takashi Matsushita,
Yutaka Akiyama.
MEGADOCK-Azure: High-performance protein-protein interaction prediction system on Microsoft Azure HPC,
Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016),
Sept. 2016.
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Keisuke Yanagisawa,
Shunta Komine,
Shogo Suzuki,
Masahito Ohue,
Takashi Ishida,
Yutaka Akiyama.
ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound segmentation,
Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016),
Sept. 2016.
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Takanori Hayashi,
Kazuki Nagasawa,
Yuri Matsuzaki,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
MEGADOCK-WEB: a database of predicted protein-protein interactions and its web interface,
Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016),
Sept. 2016.
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Shogo Suzuki,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
Learning to Rank with Ignoring Meaningless Order and Its Application to Virtual Screening for Drug Discovery,
Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016),
Sept. 2016.
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Yutaka Akiyama.
Massively parallel bioinformatics computing on K-computer, TSUBAME, and Azure: Metagenome analysis and exhaustive protein-protein interaction prediction,
ICR seminar,
July 2016.
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秋山 泰.
アミノ酸配列に対する高速な配列相同性検索(GHOSTXおよび並列版GHOST-MP),
第一回マイクロプロテイン研究会,
July 2016.
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鈴木 翔吾,
大上 雅史,
秋山 泰.
活性値情報のグループ化とランク学習による化合物スクリーニング,
情報処理学会 第46回バイオ情報学研究会,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2016-BIO-46,
26,
1-7,
June 2016.
公式リンク
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後藤 公太,
笠原 浩太,
大上 雅史,
中村 春木,
秋山 泰.
SHAKE法に着目した分子動力学ソフトウェアmyPresto/OmegageneのCPU・GPU混在環境における高速化,
情報処理学会 第46回バイオ情報学研究会,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2016-BIO-46,
17,
1-7,
June 2016.
公式リンク
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柳澤 渓甫,
小峰 駿汰,
鈴木 翔吾,
大上 雅史,
石田 貴士,
秋山 泰.
フラグメント分割に基づく超高速化合物プレスクリーニング手法ESPRESSO,
情報処理学会 第46回バイオ情報学研究会,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2016-BIO-46,
18,
1-7,
June 2016.
公式リンク
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秋山 泰.
Azure上での1000コア級並列計算 ~生命情報解析の共通基盤を目指して,
学術情報基盤オープンフォーラム2016,
http://www.nii.ac.jp/csi/openforum2016/track/day2_5.html#period1,
May 2016.
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藤井智也,
角田将典,
大上雅史,
石田貴士,
石原和幸,
秋山泰.
GPUを用いたメタゲノム配列相同性解析ツールのMPI並列化と応用,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2016-BIO-45,
3,
1-4,
Mar. 2016.
公式リンク
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山崎卓朗,
大上雅史,
秋山泰.
タンパク質-化合物相互作用ネットワークのリンクマイニング,
情報処理学会 第45回バイオ情報学研究会,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2016-BIO-45,
9,
1-7,
Mar. 2016.
公式リンク
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長澤一輝,
松崎由理,
大上雅史,
秋山泰.
タンパク質間相互作用予測結果データベース及び表示系の構築,
情報処理学会 第45回バイオ情報学研究会,
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
2016-BIO-45,
2,
1-4,
Mar. 2016.
公式リンク
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