論文

• Keisuke Yanagisawa, Takuya Fujie, Kazuki Takabatake, Yutaka Akiyama. QUBO Problem Formulation of Fragment-Based Protein–Ligand Flexible Docking, Entropy, MDPI, 26, Apr. 2024.  公式リンク  
  

国際会議発表 (査読有り)

• Taisuke Boku, Masatake Sugita, Ryohei Kobayashi, Shinnosuke Furuya, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Improving Performance on Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations by Optimizing GPU Core Utilization, 53rd International Conference on Parallel Processing (ICPP2024), Proceedings of the 53rd International Conference on Parallel Processing (ICPP2024), Association for Computing Machinery, Page 1082-1091, Aug. 2024.  公式リンク  
  

国際会議発表 (査読なし・不明)

• Masatake Sugita, Takuya Fujie, Yudai Noso, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Development and Application of a Protocol for Predicting Membrane Permeability of Cyclic Peptides Based on Molecular Dynamics Simulations, 21st IUPAB and 62nd BSJ joint congress 2024, American Chemical Society, June 2024.  公式リンク  
  

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 杉田 昌岳, 藤江 拓哉, 能祖 雄大, 柳澤 渓甫, 大上 雅史, 秋山 泰. 拡張アンサンブル分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過性予測技術の開発と応用, 第24回日本蛋白質科学会年会, June 2024.

その他の論文・著書など

• 能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰. 分子動力学シミュレーション軌跡データから抽出した位置依存特徴量を活用した環状ペプチドの膜透過性予測, 第147回MPS・第77回BIO合同研究発表会, 研究報告バイオ情報学（BIO）, 情報処理学会, 2024-BIO-77, 16, 1-8, Mar. 2024.

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