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秋山泰 2019年 研究業績一覧 (27件 / 574件)
論文
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Shuntaro Chiba,
Masahito Ohue,
Anastasiia Gryniukova,
Petro Borysko,
Sergey Zozulya,
Nobuaki Yasuo,
Ryunosuke Yoshino,
Kazuyoshi Ikeda,
Woong-Hee Shin,
Daisuke Kihara,
Mitsuo Iwadate,
Hideaki Umeyama,
Takaaki Ichikawa,
Reiji Teramoto,
Kun-Yi Hsin,
Vipul Gupta,
Hiroaki Kitano,
Mika Sakamoto,
Akiko Higuchi,
Nobuaki Miura,
Kei Yura,
Masahiro Mochizuki,
Chandrasekaran Ramakrishnan,
A. Mary Thangakani,
D. Velmurugan,
M. Michael Gromiha,
Itsuo Nakane,
Nanako Uchida,
Hayase Hakariya,
Modong Tan,
Hironori Nakamura,
Shogo Suzuki,
Tomoki Ito,
Masahiro Kawatani,
Kentaroh Kudoh,
Sakurako Takashina,
Kazuki Yamamoto,
Yoshitaka Moriwaki,
Keita Oda,
Daisuke Kobayashi,
Tatsuya Okuno,
Shintaro Minami,
George Chikenji,
Philip Prathipati,
Chioko Nagao,
Attayeb Mohsen,
Mari Ito,
Kenji Mizuguchi,
Teruki Honma,
Takashi Ishida,
Takatsugu Hirokawa,
Yutaka Akiyama,
Masakazu Sekijima..
A prospective compound screening contest identified broader inhibitors for Sirtuin 1,
Scientific Reports,
9,
Dec. 2019.
公式リンク
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Ohue M,
Shogo Suzuki,
Akiyama Y..
Learning-to-rank technique based on ignoring meaningless ranking orders between compounds,
Journal of Molecular Graphics and Modelling,
Elsevier,
Volume 92,
pp. 192-200,
Nov. 2019.
公式リンク
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Ban T,
Ohue M,
Akiyama Y..
NRLMFβ: Bata-distribution-rescored Neighborhood Regularized Logistic Matrix Factorization for Improving Performance of Drug–Target Interaction Prediction,
Biochemistry and Biophysics Reports,
Elsevier,
Volume 18,
July 2019.
公式リンク
著書
国際会議発表 (査読有り)
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Keren Jiang,
Di Zhang,
Tsubasa Iino,
Risa Kimura,
Tatsuo Nakajima,
Kana Shimizu,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama..
A playful tool for predicting protein-protein docking,
Mobile and Ubiquitous Multimedia (MUM 2019),
In Proceedings of the 18th International Conference on Mobile and Ubiquitous Multimedia (MUM 2019),
ACM,
No. 40,
Page 1-5,
Nov. 2019.
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Masahito Ohue,
Marina Yamasawa,
Kazuki Izawa,
Yutaka Akiyama.
Parallelized pipeline for whole genome shotgun metagenomics with GHOSTZ-GPU and MEGAN,
In Proceedings of the 19th annual IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (IEEE BIBE 2019),
IEEE,
152-156,
Aug. 2019.
公式リンク
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Aoyama K,
Yamamoto Y,
Ohue M,
Akiyama Y..
Performance evaluation of MEGADOCK protein–protein interaction prediction system implemented with distributed containers on a cloud computing environment,
Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'19),
In Proceedings of the 2019 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques & Applications (PDPTA'19),
pp. 175-181,
July 2019.
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Ohue M,
Ii R,
Yanagisawa K,
Akiyama Y..
Molecular activity prediction using graph convolutional deep neural network considering distance on a molecular graph,
Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'19),
In Proceedings of the 2019 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques & Applications (PDPTA'19),
Page 122-128,
July 2019.
公式リンク
国際会議発表 (査読なし・不明)
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Kento Aoyama,
Hiroki Watanabe,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
Multiple HPC Environments-Aware Container Image Configuration for Bioinformatics Application,
International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage, and Analysis (SC'19),
Nov. 2019.
公式リンク
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Masahito Ohue,
Takanori Hayashi,
Yuri Matsuzaki,
Keisuke Yanagisawa,
Yutaka Akiyama.
Megadock-Web: An Integrated Database of High-Throughput Structure-Based Protein-Protein Interaction Predictions,
Biophysical Society 63rd Annual Meeting,
Mar. 2019.
公式リンク
国内会議発表 (査読なし・不明)
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大上雅史,
鈴木翔吾,
秋山泰.
PKRank & SPDRank 化合物選別のためのランク学習法,
生命情報科学若手の会第11回研究会,
Oct. 2019.
公式リンク
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Kento Aoyama,
Hiroki Watanabe,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
Multiple HPC Environments-Aware Container Image Configuration for Bioinformatics Application,
第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019),
Sept. 2019.
公式リンク
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Hiroki Watanabe,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
Accelerating MEGADOCK: protein-protein interaction prediction software on multiple nodes and multiple GPUs environment,
第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019),
Sept. 2019.
公式リンク
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Yuta Yamada,
Yasushi Yoshikawa,
Naoki Wakui,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
Development of Membrane Permeability Prediction Method for Cyclic Peptids with Machine Learning,
第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019),
Sept. 2019.
公式リンク
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Kazuki Izawa,
Kazuki Shibayama,
Masahito Ohue,
Kazuyuki Ishihara,
Yutaka Akiyama.
Bacterial community and gene category composition analysis with high-speed homology search tool suggests the difference between periodontal disease and healthy sites,
第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019),
Sept. 2019.
公式リンク
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Shumpei Matsuno,
Masahito Ohue,
Yutaka Akiyama.
Multidomain protein structure prediction using multimeric interaction residue pair information,
第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019),
Sept. 2019.
公式リンク
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Masahito Ohue,
Hiroki Watanabe,
Kento Aoyama,
Yutaka Akiyama.
Acceleration and virtualization of parallel protein-protein interaction prediction system MEGADOCK,
The 57th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan,
Sept. 2019.
公式リンク
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Masahito Ohue,
Shogo D. Suzuki,
Yutaka Akiyama.
PKRank & SPDRank: Learning-to-rank methods for ligand-based virtual screening,
第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019),
Sept. 2019.
公式リンク
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Ohue M,
Ii R,
Yanagisawa K,
Akiyama Y..
Molecular activity prediction using graph convolutional deep neural network considering distance on a molecular graph,
IPSJ SIG Technical Report,
Vol. 2019-MPS-124,
No. 3,
pp. 1-4,
July 2019.
公式リンク
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Aoyama K,
Yamamoto Y,
Ohue M,
Akiyama Y..
Performance evaluation of MEGADOCK protein–protein interaction prediction system implemented with distributed containers on a cloud computing environment,
IPSJ SIG Technical Report,
Vol. 2019-MPS-124,
No. 13,
pp. 1-4,
July 2019.
公式リンク
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松野駿平,
大上雅史,
秋山泰..
マルチドメインタンパク質の相互作用残基ペア予測を用いた立体構造予測手法の改良,
情報処理学会研究報告 バイオ情報学(BIO),
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
Vol. 2019-BIO-58,
No. 53,
pp. 1-7,
June 2019.
公式リンク
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李佳男,
吉川寧,
大上雅史,
秋山泰..
機械学習を用いた環状ペプチドの体内安定性予測手法の改良,
情報処理学会研究報告 バイオ情報学(BIO),
研究報告バイオ情報学(BIO),
Vol. 2019-BIO-58,
No. 52,
pp. 1-8,
June 2019.
公式リンク
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黄毅聰,
吉川寧,
和久井直樹,
大上雅史,
秋山泰..
拡張サンプリング法による環状ペプチドの膜透過性予測システムの構築,
情報処理学会研究報告 バイオ情報学(BIO),
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
Vol. 2019-BIO-57,
No. 10,
pp. 1-8,
Mar. 2019.
公式リンク
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山田 雄太,
吉川 寧,
和久井 直樹,
大上 雅史,
秋山 泰.
機械学習を用いた環状ペプチドの膜透過性予測手法の開発,
情報処理学会研究報告 バイオ情報学(BIO),
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
Vol. 2019-BIO-57,
No. 13,
pp. 1-8,
Mar. 2019.
公式リンク
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林 孝紀,
大上 雅史,
秋山 泰..
代表タンパク質構造群との構造アラインメントスコアプロファイルに基づくタンパク質間相互作用予測の高速化,
情報処理学会研究報告 バイオ情報学(BIO),
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
Vol. 2019-BIO-57,
No. 12,
pp. 1-8,
Mar. 2019.
公式リンク
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伊井 良太,
柳澤 渓甫,
大上 雅史,
秋山 泰.
分子グラフ上の距離を考慮したグラフ畳込みニューラルネットワークによる化合物活性予測,
情報処理学会研究報告 バイオ情報学(BIO),
研究報告バイオ情報学(BIO),
情報処理学会,
Vol. 2019-BIO-57,
No. 11,
pp. 1-8,
Mar. 2019.
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その他の論文・著書など
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